À travers la visite de dispositifs de suivi environnemental, cette excursion a comme objectif de présenter la dynamique des perturbations passées et contemporaines qui ont façonné les écosystèmes des Basses-Terres du Saint-Laurent et des contreforts des Laurentides autour de la ville de Québec. Cette excursion sera centrée sur deux sites, un milieu humide urbain situé à la base de Plein air de Sainte-Foy, et les écosystèmes forestiers du domaine de l’érablière à bouleau jaune situés à la Station forestière de Duchesnay. À la Base de Sainte-Foy (milieu naturel urbain), nous découvrirons comment les activités anthropiques peuvent être à l’origine d’importantes transformations des milieux naturels. À cet endroit, une tourbière ombrotrophe arbustive à éricacées s’est transformée en un mélézin puis en une érablière rouge au cours des 50 dernières années, à la suite d’activités anthropiques adjacentes à la tourbière. Nous aborderons également les notions d’écologie des tourbières et leur évolution depuis le retrait de la mer de Champlain. La Station forestière de Duchesnay constitue un milieu fortement contrasté comparativement à la Base de Sainte-Foy. Nous présenterons les divers écosystèmes qui se succèdent le long du gradient altitudinal, et visiterons une vieille forêt dominée par bouleau jaune et la pruche. Plusieurs intervenants viendront nous présenter des dispositifs de suivi environnemental établis dans les érablières sur des sujets divers comme l’envahissement par le hêtre, les pluies acides et les changements climatiques. Une journée captivante en vue. Inscrivez-vous!

Animateurs.trices

Loïc D'Orangeville ()
Professeur et membre régulier au CEF, Université Laval

Pierre Grondin ()
Chercheur scientifique DRF, ministère des Ressources naturelles et de la Faune du Québec

Martin Lavoie ()
Professeur, Université Laval

Sylvain Jutras ()
Professeur et membre régulier au CEF, Université Laval

Louis Duchesne ()
Chercheur scientifique DRF, ministère des Ressources naturelles et de la Faune du Québec
Louis Duchesne, ing.f., M. Sc., occupe un poste de chercheur expert au sein du créneau de recherche sur les écosystèmes et l’environnement à la Direction de la recherche forestière, où il supervise les activités de suivis environnementaux de bassins versants forestiers menés par le ministère des Forêts, de la Faune, et des Parcs depuis plus de 30 ans. Ses travaux spécialisés dans l’étude de la croissance et de la nutrition des forêts visent principalement à mieux comprendre et à anticiper les impacts des facteurs de stress environnementaux sur la dynamique forestière.

Mathieu Bouchard ()
Professeur et membre régulier au CEF, Université Laval

Victor Danneyrolles ()
Professeur et membre associé au CEF, Université du Québec à Chicoutimi

Louis Allard ()
étudiant à la maîtrise, Université Laval

François Guillemette ()
ministère des Ressources naturelles et de la Faune du Québec

Venez vous joindre à nous pour une journée d’apprentissage sur la programmation d’un enregistreur de données. Vous travaillerez avec un CR6 et apprendrez les bases essentielles pour configurer des capteurs, enregistrer des données et comprendre la logique de fonctionnement d’un enregistreur de données.

Animateurs.trices

Samuel Stippler ()
Consultant, Campbell Scientific
Consultant en vente technique chez Campbell Scientific. Ayant plus de 5 ans d’expérience sur le terrain, j’ai développé une solide expertise en instrumentation en travaillant sur l’installation, la mise en service, l’entretien et le dépannage de systèmes d’acquisition de données et de surveillance environnementale à travers le Canada. Aujourd’hui, j’accompagne principalement les clients du marché québécois dans la conception de solutions fiables et adaptées aux réalités du terrain, en combinant mon expertise technique et mon approche pratique.

Youssef Habbal ()
Ing. Électrique, Campbell Scientific
Ingénieur électrique travaillant en vente technique chez Campbell Scientific Canada. J’aide les chercheurs, les ingénieurs et les organisations à concevoir et déployer des systèmes de surveillance environnementale et d’acquisition de données en combinant une expertise en ingénierie avec des solutions pratiques adaptées au terrain.

Zach Boudreau ()
Consultant, Campbell Scientific
Consultant en vente technique chez Campbell Scientific Canada, avec une formation en physique et en météorologie de Dalhousie University. J’aide les chercheurs universitaires, les institutions gouvernementales et les professionnels de l’industrie à concevoir et mettre en œuvre des systèmes de surveillance environnementale et de gestion des données pour une vaste gamme d’applications scientifiques.

Cet atelier d'introduction (4 heures) propose un survol structuré de Google Earth Engine (GEE) afin de faire découvrir aux participant.e.s le potentiel de cette plateforme pour l'analyse géospatiale en écologie et en aménagement forestier. L'objectif n'est pas de rendre les participant.e.s autonomes en quelques heures, mais plutôt de leur présenter les possibilités offertes par GEE, les types d'analyses réalisables et les perspectives qu'il ouvre pour la recherche forestière. La première partie portera sur les bases de la plateforme : présentation de l'environnement de travail (Code Editor), logique générale du JavaScript utilisé dans GEE, accès aux collections d'images satellitaires (p. ex. Landsat et Sentinel-2), filtres spatiaux et temporels, et calcul d'indices tels que le NDVI. Des démonstrations guides permettront d'illustrer la structure des scripts et les étapes clés d'un flux de travail typique. La seconde partie mettra en lumière des exemples d'applications en écologie, notamment la modélisation présence - absence pour la distribution d'espèces et la cartographie d'habitats par classification supervisée (Random Forest). Enfin, un volet consacré a l'aménagement forestier présentera des exemples d'estimation de biomasse par régression et d'analyses multitemporelles pour le suivi des perturbations (feux, épidémies d'insectes, détection de changements). A travers ces études de cas et démonstrations de codes de base, l'atelier vise a exposer les participant.e.s aux outils, méthodes et possibilités qu'offre Google Earth Engine pour appuyer les enjeux actuels en sciences forestières.

Animateurs.trices

Joël Masimo Kabuanga ()
Candidat au doctorat, UQAT

Naveen Verabhadraswamy ()
Candidat au doctorat, UQAT

Osvaldo Valeria ()
Professeur, cotitulaire de la Chaire UQAT-UQAM en aménagement forestier durable et membre régulier au CEF, UQAT
Osvaldo Valeria s'est joint à l'équipe de l'UQAT en juin 2003 avec une expertise en aménagement forestier. M. Valeria est titulaire d'un baccalauréat en génie forestier de l'Universidad de Concepcion (Chili, 1991). Il a travaillé comme professeur en opération forestières et analyse économique à l’Université de Conception pendant 5 ans (1991-1996) et ensuite il a obtenu une maîtrise (1999) et d'un doctorat (2004) en sciences forestières de l'Université Laval. Le Dr Osvaldo Valeria est membre du CEF, professeur associé à l'UQO et U de Sherbrooke. Ses travaux de recherche, en tant que professeur régulier à l’UQAT, se concentrent autour de deux axes principaux : 1) La compréhension des interactions spatiales de la dynamique forestière via l’acquisition des données à l’aide de la géomatique et la télédétection et 2) L’opérationnalisation de l’aménagement forestier écosystémique.

Alejandro Vega Escobar ()
Candidat au doctorat, UQAT
Alejandro Vega Escobar est doctorant en sciences naturelles à l’Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue (UQAT), où il mène des travaux portant sur l’analyse spatiale et l’optimisation appliquées à la gestion des infrastructures forestières. Il est titulaire d’un diplôme en ingénierie industrielle avec spécialisation en logistique et opérations forestières, et possède également une formation de niveau maîtrise en science des données appliquée à l’analyse spatiale et environnementale. Il cumule plus de vingt ans d’expérience professionnelle dans l’analyse et l’optimisation de systèmes logistiques et forestiers en Amérique latine, notamment en planification opérationnelle et en analyse de réseaux d’infrastructures forestières. Ses travaux de recherche portent sur l’intégration de données géospatiales, de modèles d’optimisation et d’outils d’analyse avancée afin de soutenir la planification territoriale et la gestion durable des infrastructures forestières. Dans le cadre de son doctorat à l’UQAT, il développe des approches de modélisation spatiale visant à prioriser la restauration des réseaux de chemins forestiers en intégrant des critères environnementaux tels que le stockage de carbone et la connectivité du paysage. Ses intérêts de recherche incluent l’analyse géospatiale, la télédétection, la modélisation environnementale et l’aide à la décision appliquée à la gestion forestière et à l’adaptation aux changements climatiques. Il s’intéresse également à l’utilisation de plateformes d’analyse à grande échelle, telles que Google Earth Engine, pour l’exploitation et l’analyse de données satellitaires dans les écosystèmes forestiers.

Un atelier théorique et pratique pour maîtriser les concepts clés et les outils numériques de la création d’une fiche vulgarisée. Transmettez au grand public vos idées grandioses ou vos résultats percutants. Cet atelier vous donnera les outils et les connaissances pour faire une fiche qui transmettra votre message au-delà du monde scientifique. Une présentation des règles de base pour une bonne présentation et de quelques outils pour y arriver seront présentés. Pour profiter pleinement de l’atelier, ayez votre ordinateur portable avec vous pour la partie pratique. Sinon, vous pouvez assister au volet théorique et vous jumeler avec quelqu’un qui a un portable pour le volet pratique. Afin d’optimiser la productivité de cet atelier, je vous ferai parvenir de courtes instructions pour vous préparer en amont de la rencontre.

Animateurs.trice

Sarah Bertrand ()
Professionnelle CEF, UQO-ISFORT

Depuis maintenant 5 ans, la Direction des inventaires forestiers diffuse en données ouvertes des produits d'hydrographie comme les lits d'écoulements potentiels ainsi que l'indice d'humidité topographique. Découvrez durant cet atelier les dessous de cette production réalisée entièrement à partir de logiciels libres. L'atelier combinera la présentation de concepts ainsi que de code (Python et Rust). Une deuxième partie de l'atelier portera sur le développement d'une extension pour QGIS permettant la stéréorestitution de photographies aériennes pour la photo-interprétation afin de remplacer les logiciels propriétaires traditionnels comme DVP, Summit Evolution et ArcGIS Pro.

Animateurs.trices

Jean-François Bourdon ()
Professionnel, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts

Frédérick Pineault ()
Professionnel, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts – Direction des inventaires forestiers

Souhaitez-vous intégrer le suivi acoustique passif dans vos projets? Ou voulez-vous simplement découvrir ce qui se cache derrière cette méthode largement répandue en recherche fondamentale et appliquée? Cet atelier de 4 heures vous propose une initiation pratique aux fondamentaux du suivi acoustique passif, autour de quatre axes de discussion: - Formuler une question de recherche adaptée au suivi acoustique; - Déployer efficacement le matériel sur le terrain; - Analyser les enregistrements sonores et en extraire des informations utiles; - Partager vos données, vos méthodes et vos résultats. Chaque groupe de participant⋅es explorera l'ensemble de ces thématiques à travers une mise en situation guidée par les instructeur⋅rices. Une feuille de route ainsi que du matériel pédagogique seront mis à votre disposition. L'atelier s'achèvera par une mise en commun des réflexions et outils pour permettre à chacun⋅e de repartir avec une vision claire des étapes à suivre pour mettre en place un suivi acoustique passif. À la suite de cet atelier, vous serez capable: - de décrire la démarche globale du suivi acoustique passif; - d'expliquer les avantages et les limites du suivi acoustique passif; - d'identifier les outils et méthodes adaptés à vos objectifs; - de trouver les ressources pertinentes pour passer à l'action. Aucune expérience préalable requise, seulement de la curiosité! Site web de l'atelier : https://lucasvoirin.github.io/suivi_acoustique_passif/

Animateurs.trices

Lucas Voirin ()
Candidat au doctorat, Université Laval

Tohi Adenot ()
Candidat au doctorat, Université Laval

La ville de Québec est reconnue pour la grande diversité de ses forêts urbaines. Directement au contact avec la population à laquelle elles apportent de nombreux services, ces forêts sont au centre de multiples enjeux de gestion et de préservation. Cette visite de terrain va vous présenter les pratiques et les recherches scientifiques qui y sont menéees. Plus précisément, la visite va proposer différents arrêts à travers les boisés de l'Université pour montrer quelques projets réalisés et aborder les thèmes suivants : (1) La gestion des arbres de rue dans la ville de Québec, incluant la création de fosses, les plantations et l'entretien des arbres d?alignement (Jérôme Picard, Ville de Québec). On abordera aussi les recherches sur les effets des types de fosses de plantation sur les arbres (Claudelle Bourque, Chaire de recherche sur l'arbre urbain et son milieu (Janani Sivarajah)). (2) La gestion des milieux naturels, à travers la restauration et la conservation des boisés urbains (Dominic Augé, Ville de Québec). Ce sera un des aspects importants de la prochaine "vision de l'arbre" établie par la ville de Québec. (3) Les recherches actuellement menées dans deux projets sur de nouvelles pratiques de séquestration de carbone dans les sols. Le premier projet vise à construire des sols fertiles riches en carbone à partir de déchets urbains. Le deuxième projet vise à réduire les émissions de gaz à effet de serre en utilisant du biochar comme amendement du sol dans les fosses des arbres (Claudelle Bourque). (4) Les maladies qui impactent la santé des arbres urbains et font l'objet de recherches pour comprendre les mécanismes et développer des stratégies de résistance (Pauline Hessenauer, Institut de biologie intégrative et des systèmes). (5) Enfin, les enjeux sociaux entourant les forêts urbaines seront discutés (Manuella Strukelj, Centre d'étude de la forêt).

Animateurs.trices

Manuella Strukelj ()
Professionnelle CEF, Université Laval
En tant que coordinatrice du Pôle de l'Est, je suis chargée de mettre à jour le site web et communiquer les informations relatives aux membres du CEF du Pôle de l'Est (ULaval, UQAR et UQAC). Les membres du CEF peuvent me contacter pour m'informer de nouvelles publications scientifiques, de communications dans les médias, de changements des équipes d'étudiants et de personnels, ou pour toute question relative aux services proposés par le CEF.

Claudelle Bourque ()
Professionnelle de recherche, Université Laval
Claudelle détient un baccalauréat en aménagement et environnement forestiers (2020) ainsi qu'une maîtrise en sciences forestières (2023) de l'Université Laval. Durant son parcours, elle a acquis de l'expérience en foresterie urbaine, en sylviculture et en écophysiologie. Depuis 2023, elle occupe le poste de professionnelle de recherche et coordonnatrice à la CRAUM.

Pauline Hessenauer ()
Professeure adjointe et membre associée au CEF, Université Laval
Pauline Hessenauer est professeure adjointe au Département des sciences du bois et de la forêt à la Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique de l’Université Laval depuis 2024. Ses activités portent sur la recherche en pathologie forestière et mycologie, ainsi que sur l’enseignement de ces disciplines. Après avoir obtenu une licence puis un master en biologie évolutive, écologie et évolution à l’Université Paul Sabatier de Toulouse, en France, elle a décroché un doctorat en pathologie forestière à l’Université Laval en 2021, où elle a étudié la génomique des populations de l’agent pathogène responsable de la maladie hollandaise de l’orme. Par la suite, Pauline a mené des recherches postdoctorales à l’Université de Colombie-Britannique, se concentrant sur la convergence évolutive dans l’adaptation des pathogènes forestiers au climat. Elle a ensuite réalisé un second postdoctorat, en collaboration avec l’Université de Calgary et le Service canadien des forêts, portant sur la traçabilité génomique des essences forestières.

Jérôme Picard ()
Ville de Québec

Dominic Aubé ()
Ville de Québec

À l’ère des données massives, intégrer les flux de travail analytiques dans les publications scientifiques est essentiel pour garantir transparence, accessibilité et reproductibilité. La publication de votre flux de travail de recherche peut vous aider à documenter vos décisions, votre code analytique final et vos paramètres. Elle constitue ainsi un outil précieux, tant pour vous-même, que pour vos collègues ou votre équipe de laboratoire, et contribue à promouvoir une science ouverte et transparente. Cet atelier vise à former les participants à la manipulation des données et à la création de rapports analytiques reproductibles et interactifs afin de mieux communiquer les résultats de leurs recherches. À l'issue de l'atelier, les participants seront en mesure d’exploiter les multiples outils de R-Markdown pour créer des rapports de recherche, ainsi que développer des compétences dans l’utilisation de packages tels que tidyverse, ggplot2, DT et leurs packages associés. Déroulement 1. Introduction (20 min) : Fondements de la recherche reproductible. 2. Exercice guidé (1h30) : Présentation de la plateforme R-Markdown et mise en pratique avec des exemples concrets. 3. Création d’un rapport R-Markdown (2h) : travail autonome dans l’activités pratique de l’atelier. 4. Discussion finale (10 min) : Défis, bénéfices et applications potentielles de R-Markdown pour la communication scientifique. Cet atelier invite les participants à raconter l’histoire de leurs recherches avec R-Markdown, en combinant gestion des données, analyses, figures et tableaux de haute qualité dans un document interactif.

Animateurs.trices

Adriel Michel Sierra Pinilla ()
Chercheur postdoctoral, Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie de l'INRS
Je suis chercheur postdoctoral au Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie de l’INRS et je m’intéresse à l’étude des motifs de biodiversité des plantes et des microbes dans les paysages forestiers et urbains à l’aide d’outils multi-omiques. Je m’intéresse également au développement d’analyses reproductibles et de flux de travail bioinformatique.

Marta Alonso García ()
Professeure, Université de Murcie
Marta Alonso-García : professeure à l’Université de Murcie, spécialiste de l’étude des mousses et des lichens, elle explore leurs relations avec les communautés microbiennes associées à l’aide d’outils génomiques.

Clémence Pierrard ()
Candidate au doctorat, UQAT & Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie de l'INRS
Etudiante au doctorat à l'UQAT et Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie de l’INRS, elle étudie les populations marginales de feuillus en forêt boréale et leur dynamique d'expansion et d'établissement en lien avec les communautés microbiennes et mycorhiziennes dans la zone de transition tempérée-boréale.

Lilisbeth Rodriguez ()
Candidate au doctorat, Université de Sherbrooke
Doctorante à l'Université de Sherbrooke, elle est biologiste végétale spécialisée dans l'étude des interactions plante-microorganisme, avec un accent sur les communautés bactériennes et fongiques. Ses recherches visent à comprendre comment les communautés microbiennes de la phyllosphère et de la rhizosphère influencent la résilience des plantes face au stress climatique, en utilisant des communautés microbiennes synthétiques du soja comme système modèle.

This full-day, hands-on workshop introduces participants to the use of R for analyzing forest ecological data, with a focus on linking statistical tools to ecological interpretation. The workshop is structured to move from foundational exploratory data analysis (EDA) to advanced multivariate techniques commonly used in forest community research. The morning session will focus on exploratory analysis of tree inventory datasets. Participants will learn how to import, clean, and structure ecological data in R, and how to summarize stand characteristics such as species composition, diameter distributions, and basal area. Visualization techniques will be used to examine patterns in stand structure and variability across sites or treatments. Emphasis will be placed on using EDA to detect ecological signals, generate hypotheses, and understand structural heterogeneity within forests. The afternoon session will introduce multivariate methods for analyzing species composition and ecological gradients. Participants will apply ordination techniques, including Principal Component Analysis (PCA) and Non-metric Multidimensional Scaling (NMDS), to explore community patterns. The workshop will also cover cluster analysis for classifying forest stands based on compositional similarity. Conceptual foundations?such as distance measures and interpretation of ordination axes?will be emphasized to ensure rigorous ecological understanding. By the end of the workshop, participants will be able to conduct reproducible analyses in R and interpret multivariate results within a forest ecology framework.

Animateurs.trice

Animesh Ghose ()
UQAT

L’intégration de la technologie LiDAR (Light Detection and Ranging) a transformé les sciences forestières en permettant une quantification tridimensionnelle précise de la structure des forêts. Le package lidR, offre un cadre analytique complet sous R tout en proposant des fonctionnalités adaptées aux analyses forestières. L’essor des acquisitions LiDAR à grande échelle a généré un besoin croissant en outils d’analyse performants. Développé au départ pour les besoins d’un projet de doctorat à l’Université Laval, lidR est aujourd’hui un logiciel en libre accès utilisé dans nombreuses équipes de recherche à l’échelle internationale. Alors que la gestion durable des forêts fait face à d’importants défis, les données de télédétection à haute résolution offrent des solutions tangibles pour assurer la caractérisation et la surveillance des écosystèmes. Toutefois, la complexité du traitement des données LiDAR peut constituer un obstacle à leur utilisation efficace. Cet atelier répond à cette nécessité en proposant une formation complète sur le traitement et l’analyse des données LiDAR aéroportées. Grâce à l’environnement robuste de lidR, les participants apprendront à traiter les nuages de points, des opérations fondamentales afin de développer des flux de travail efficaces adaptés aux besoins opérationnels et de recherche. La formation suit une progression méthodologique structurée débutant par la manipulation et la visualisation des nuages de points, puis abordant la modélisation du terrain et la détection individuelle des arbres, jusqu’au calcul de métriques forestières à l’échelle des peuplements. Alliant bases théoriques et exercices pratiques sur des jeux de données réels, cet atelier permet aux participants d’acquérir une expertise dans les techniques fondamentales du traitement des données LiDAR et des méthodes d’analyse de la structure forestière, renforçant ainsi leurs capacités d’analyse en gestion et conservation des forêts.

Animateurs.trices

Joao Paulo Czarnecki de Liz ()
Candidat au doctorat en sciences forestières, Université Laval

Louis-Lou Tardif-Samson ()
Auxiliaire de recherche de 1er cycle, Université Laval

Mael Bacon ()
Université Laval

Gabriel Bolduc ()
Candidat au doctorat, Université Laval

Ce module de formation propose un parcours intégré, pratique et progressif pour rendre les participant·e·s autonomes dans l’analyse de données scientifiques intensives, depuis l’usage des serveurs de calcul haute performance (HPC) jusqu’à l’exécution d’un pipeline bioinformatique complet pour le microbiome des sols. La première partie introduit le fonctionnement d’un cluster HPC (nœud de connexion vs nœuds de calcul, stockage partagé, organisation des ressources) et aide à comprendre quand et pourquoi migrer d’un ordinateur personnel vers des infrastructures comme celles de l’Alliance/Calcul Québec (ex. VALERIA). L’accent est mis sur les compétences essentielles dès le premier jour : connexion sécurisée via SSH, navigation et gestion de fichiers/répertoires, bonnes pratiques de stockage (/home, /project, /scratch), permissions Linux et automatisation via scripts bash. Les participant·e·s apprendront ensuite à soumettre, surveiller et gérer efficacement des tâches avec l’ordonnanceur SLURM (sbatch, squeue, scancel, sinfo, sacct), ainsi qu’à transférer des données de manière robuste (scp/rsync), au moyen d’exemples commentés et directement réutilisables. La seconde partie applique ces acquis à un cas d’usage concret : l’analyse du microbiome des sols avec QIIME2, du FASTQ à l’interprétation. Les participant·e·s exécuteront un flux de travail reproductible incluant : préparation et validation des métadonnées, import des fichiers FASTQ, contrôle qualité, inférence des variants (DADA2), assignation taxonomique, visualisations (barplots), puis une introduction aux concepts de diversité alpha et bêta, aux analyses multivariées de base et à l’interprétation écologique des résultats. À l’issue de l’atelier, les acquis seront mesurables : (1) structurer des métadonnées fiables; (2) lancer un pipeline QIIME2 complet (local/HPC); (3) produire et interpréter des sorties de taxonomie et de diversité; (4) relier graphiques et indicateurs aux hypothèses expérimentales. Les livrables incluent un jeu de résultats et une checklist de bonnes pratiques pour répliquer l’approche sur ses propres projets.

Animateurs.trices

Honoré Tekeu ()
Professeur associé et membre associé au CEF, Université Laval
Le Dr Honoré Tekeu est professeur associé à l’Université Laval et scientifique des données omiques spécialisé en bioinformatique, génomique, transcriptomique, métagénomique et intelligence artificielle appliquées aux agroécosystèmes et aux environnements forestiers. Titulaire d’un doctorat en bio-informatique et génomique des plantes à l’Université Laval/Université de Yaoundé, il a consolidé son profil par un postdoctorat en transcriptomique et génomique comparative à l’Université de Moncton, axé notamment sur les variantes structurelles et les approches RNA-seq, puis par un second postdoctorat en métagénomique environnementale à l’Institut de recherche et de développement en agroenvironnement. Il a également renforcé sa maîtrise des approches quantitatives avancées par une formation continue en intelligence artificielle et apprentissage automatique à l’Université Laval. Le Dr Tekeu développe des approches analytiques intégrées permettant de relier des données biologiques à haute dimension à des variables agronomiques, environnementales et physico-chimiques, afin de générer des connaissances actionnables pour la gestion durable des sols, la résilience des cultures et l’optimisation des systèmes de production. Il conçoit des pipelines bioinformatiques reproductibles et robustes mobilisant notamment R, Python, Linux, Snakemake, QIIME2, DADA2, la conteneurisation et le calcul haute performance. Ses travaux visent à identifier des marqueurs microbiens et génétiques et à produire des solutions concrètes pour la santé des sols, la résilience des cultures et la gestion durable des systèmes vivants. Il est également très engagé dans la formation de la relève en bioinformatique, analyse omique et reproductibilité des analyses.

Pauline Hessenauer ()
Professeure adjointe et membre associée au CEF, Université Laval
Pauline Hessenauer est professeure adjointe au Département des sciences du bois et de la forêt à la Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique de l’Université Laval depuis 2024. Ses activités portent sur la recherche en pathologie forestière et mycologie, ainsi que sur l’enseignement de ces disciplines. Après avoir obtenu une licence puis un master en biologie évolutive, écologie et évolution à l’Université Paul Sabatier de Toulouse, en France, elle a décroché un doctorat en pathologie forestière à l’Université Laval en 2021, où elle a étudié la génomique des populations de l’agent pathogène responsable de la maladie hollandaise de l’orme. Par la suite, Pauline a mené des recherches postdoctorales à l’Université de Colombie-Britannique, se concentrant sur la convergence évolutive dans l’adaptation des pathogènes forestiers au climat. Elle a ensuite réalisé un second postdoctorat, en collaboration avec l’Université de Calgary et le Service canadien des forêts, portant sur la traçabilité génomique des essences forestières.

Gumière Thiago ()
Professeur agrégé, Université Laval
Thiago Gumiere est titulaire d'un diplôme d'ingénieur en agronomie, obtenu en 2010, et de deux spécialisations : l'une en microbiologie et l'autre en sols et nutrition des plantes. Il a décroché une maîtrise en 2013 et un doctorat en 2017.Ses études scientifiques ont commencé par un stage au sein du laboratoire de microbiologie de l'Université de São Paulo (Piracicaba, Brésil). Durant cette étape, il a identifié des isolats bactériens classés comme rhizobactéries promotrices de la croissance des plantes Araucaria sp. et Pinus sp. Pendant sa maîtrise en sciences du sol, il a évalué la distribution biogéographique de la communauté fongique dans un sol cultivé de cannes à sucre. Sa thèse portait quant à elle sur l'identification des communautés à base microbienne associées à la fertilisation et à la productivité de la canne à sucre.Après son doctorat, en 2017, il s'est installé au Québec, où il a travaillé comme stagiaire postdoctoral à l'Institut national de la recherche scientifique (Centre Eau Terre Environnement). Pendant deux ans, il a étudié la microbiologie et la gestion de l'eau dans les cultures de canneberges et de pommes de terre. Depuis décembre 2019, il est professeur en microbiologie, biochimie et santé globale des sols au Département des sols et de génie agroalimentaire de l'Université Laval. Tout au long de sa carrière scientifique, sa motivation a été fondée sur l'amélioration de l'agriculture en utilisant la connaissance de l'interaction plante/micro-organisme/sol.

Inventorier et suivre l’état de la biodiversité forestière est une tâche difficile et coûteuse, mais nécessaire pour évaluer les impacts des pratiques forestières. C’est pourquoi, en rendant compte de l’état et de la dynamique de la biodiversité, les indicateurs indirects de biodiversité sont des outils indispensables en conservation et en aménagement forestier. Lors de cet atelier, nous proposons, de découvrir l’un de ces indicateurs : les dendromicrohabitats. Ce sont des singularités morphologiques distinctes (cavités, mousses, nids, etc.), généralement de petites dimensions, portées par certains arbres sur pied, vivants ou morts. Ces structures sont d’importants refuges pour de nombreuses espèces forestières, leur permettant de se développer, se nourrir, s’abriter et/ou se reproduire. Les dendromicrohabitats constituent un indicateur multi-taxonomique pertinent encore peu étudié et déployé dans les forêts d’Amérique du Nord comme outil de gestion. L’atelier a pour objectif de former scientifiques et gestionnaires à l’identification et à l'utilisation des dendromicrohabitats. Nous débuterons par une brève présentation de l’écologie et de la dynamique des dendromicrohabitats ainsi que de leur applicabilité en gestion ou conservation des écosystèmes forestiers et de la biodiversité associée. Nous poursuivrons par un exercice de terrain en forêt, où les membres participants apprendront à reconnaître les dendromicrohabitats à trois niveaux hiérarchiques de précision, leurs seuils de prise en compte et les bonnes pratiques d’inventaire. L’exercice de reconnaissance se fera à l'aide d'un guide développé à partir d'une nomenclature standardisée avec lequel les participants auront l'occasion de se familiariser. L’inventaire sera suivi d’une synthèse des observations et d’une discussion sur les implications écologiques et l’utilisabilité des dendromicrohabitats comme indicateurs indirects de biodiversité dans différents domaines de la conservation et de l’aménagement au Québec. À la fin de l’atelier, les participants sauront intégrer les dendromicrohabitats comme outil d’évaluation du potentiel de biodiversité forestière pour l’aménagement forestier ou la recherche.

Animateurs.trices

Marie-Ève Jarry ()
étudiante à la maîtrise, UQAT
Étudiante à la maîtrise en écologie et aménagement des écosystèmes forestiers

Mathéo Mosnier ()
Candidat au doctorat, UQAT
Étudiant doctorant en écologie forestière

Forêt ouverte est une carte interactive qui vous permet de visualiser, d'interroger et de télécharger gratuitement des données pertinentes pour la recherche forestière : l'historique des perturbations naturelles et anthropiques, l'imagerie satellitaire, les données du lidar et bien plus! Cet atelier a comme objectifs de faire connaître les fonctionnalités de Forêt ouverte et de faciliter leur intégration dans les pratiques de travail ou de recherche. L'atelier sera un mélange de théorie et de pratique. Chaque participant ou participante aura une feuille de route à suivre. Vous devrez apporter votre propre portable avec le logiciel Google Chrome installé et vous devrez vous assurer d'être bien connectés à internet afin d'effectuer les exercices qui vous seront proposés.

Animateurs.trices

Anne Theodorescu ()
Professionnelle, Professionnelle de la division de la diffusion et du soutien à la clientèle, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts
Anne Theodorescu est ingénieure forestière, diplômée de l'Université Laval en 2014. Elle a amorcé sa carrière en foresterie urbaine et a ensuite travaillé en forêt privée pour un groupement forestier en Beauce. Depuis 2019, elle occupe le poste de professionnelle en transfert de connaissances pour la division de la diffusion et du soutien à la clientèle de la Direction des inventaires forestiers.

Victoria Chaguala ()
Professionnelle, Professionnelle de la division de la diffusion et du soutien à la clientèle, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts
Victoria Chaguala est ingénieure forestière, diplômée de l'Université nationale de Colombie en 2005. Elle a obtenu une maîtrise en sciences forestières de l'Université Laval en 2014 et est membre de l'Ordre des ingénieurs forestiers du Québec depuis 2018. Elle a travaillé pendant 10 ans en Colombie en foresterie urbaine et, par la suite, au Québec en développement géomatique pour le secteur forestier. Actuellement, Victoria occupe le poste d'ingénieure forestière pour la Division de la diffusion et du soutien à la clientèle de la Direction des inventaires forestiers.

Avec plus de 800 000 spécimens végétaux, l’Herbier Louis-Marie est le plus important herbier universitaire canadien. Les espèces arctiques-alpines, subarctiques et boréales du Canada et de l'hémisphère nord y sont particulièrement bien représentées. Cette collection est accessible au personnel de recherche et à la communauté étudiante œuvrant dans différents secteurs d’étude (systématique, écologie, biogéographie, biologie moléculaire, botanique, ethnobotanique, foresterie, chimie, etc.). Une grande partie de la collection est également accessible en ligne grâce à la banque de données électronique, HERCUL (Herbier catalogué de l'Université Laval). Au programme de votre visite : Introduction (40 minutes) Lors de votre visite, vous aurez d’abord l’opportunité d’assister à une présentation d’environ 40 minutes expliquant l’histoire de cette collection, ce qu’est un herbier ainsi que ses usages présents et passés, et comment choisir, récolter et préparer des spécimens botaniques. Le processus d’intégration des nouveaux spécimens à la collection (montage, saisie, photo et diffusion des données sur les sites de biodiversité), ainsi que l’importance d’une bonne gestion de vos données de recherche seront aussi abordés. Visite de la réserve (15 minutes) Vous aurez l’occasion de visiter la réserve et de voir les différents groupes végétaux qui sont représentés à l’Herbier Louis-Marie. Atelier pratique de montage (environs 45 minutes) La visite se conclura par un atelier de montage de spécimens de plantes vasculaires. Vous apprendrez à choisir les matériaux appropriés et à maîtriser les techniques pour fixer correctement les plantes au carton.

Animateurs.trices

Kim Damboise ()
Technicienne, Université Laval

Nancy Martel ()
Technicienne, Université Laval

Annie St-Louis ()
Technicienne en travaux d'enseignement, Université Laval

“ggplot2” est un package disponible sur R largement utiliser en recherche pour la visualisation de données. Il permet de créer en peu d’étapes des graphiques percutants, essentiels pour le partage et la communication de résultats. Mais son utilisation peut parfois s’avérer déroutante et peu intuitive pour les néophytes. Au cours de l’atelier, nous progresserons ensemble dans la prise en main de cet outil à l’aide de donnée d’entraînement. Nous aurons 4 objectifs principaux : 1) Organiser nos données pour les rendre facilement utilisables dans ggplot2. 2) Comprendre la grammaire de codage propre à ggplot2 ainsi que les fonctions de bases pour créer des graphiques simples et efficaces. 3) Découvrir les façons de personnaliser et d’adapter le rendu des graphiques à nos besoins spécifiques. 4) Comment exporter nos graphiques nouvellement créés vers un document texte ou une présentation PowerPoint. En parallèle de l’atelier, vous pouvez également vous entraîner avec vos propres données.

Animateurs.trice

Geoffrey Zanin ()
Professionnel CEF, UQAT
Geoffrey détient un doctorat en écologie forestière obtenu à l’Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue (UQAT) en 2025. Fort de ses années d’expérience comme étudiant, il connaît parfaitement les défis auxquels les étudiantes et étudiants sont confrontés : collecte et analyse de données, communication des résultats, préparation de bourses et constitution d’un dossier académique solide, etc. Aujourd’hui, Geoffrey est en poste a l’UQAT au sein de l’institut de recherche sur les forêts en tant qu’auxiliaire de recherche et d’enseignement où il apporte son expertise à toutes les étudiantes et les étudiants membres du regroupement du CEF.