Honoré Tekeu

Chercheur associé
Génomique, métagénomique, intelligence artificielle, biologie computationnelle
Professeur associé
Université Laval

Formation
• Postdoctorat en Métagénomique environnementale – Institut de recherche et de développement en agroenvironnement (Canada), 2022–2023.
• Postdoctorat en transcriptomique et génomique comparative – Université de Moncton (N.-B., Canada), 2021–2022 (projet : variantes structurelles et RNAseq).
• Doctorat en bio-informatique et génomique des plantes – Université Laval/Yaoundé (Québec/Cameroun), 2014–2018.
• Formation continue – IA et apprentissage automatique (cours « Apprentissage automatique», «Réseaux de neurones») – ULaval, 2023–2024.
• MSc en sciences biologiques – Univ. Yaoundé I, Cameroun, 2010–2013.

Profil
Dr Honoré Tekeu est professeur associé à l’Université Laval et scientifique des données appliquée aux écosystèmes agroenvironnementaux et forestiers. Il possède une expertise reconnue en analyse de données omiques (génomiques, transcriptomiques, métagénomiques, métabolomiques) et maîtrise des outils tels que R, Python, Linux et Snakemake. Ses activités de recherche s’inscrivent à l’interface de la biologie des systèmes, de la bioinformatique et des sciences agronomiques, avec un intérêt marqué pour les agroécosystèmes et les enjeux de durabilité. Il conçoit et déploie des pipelines bioinformatiques reproductibles (QIIME2/DADA2, conteneurs, calcul haute performance) pour traiter de vastes ensembles de données. En liant des données métagénomiques (sédiments / 16S/ITS) à des mesures agronomiques et physico-chimiques (pH, azote, rendement, maladies) et en appliquant des méthodes statistiques et d’apprentissage automatique (réseaux de neurones, modèles GWAS-ML), il transforme ces données complexes en indicateurs opérationnels. Ses analyses multi-échelles mettent en évidence des marqueurs microbiens et génétiques et proposent des leviers concrets pour la gestion durable des sols et l’irrigation de précision. Parallèlement, il est très actif en formation et mentorat : il encadre des étudiants aux cycles supérieurs (M.Sc., Ph.D.) et anime des cours et ateliers de bioinformatique et d’analyse omique (R, Python, workflows reproductibles). Les modules pédagogiques qu’il élabore mettent l’accent sur les bonnes pratiques (qualité des données, reproductibilité, usage du calcul haute performance) afin de soutenir l’émergence de la relève scientifique.

Enseignements et encadrements

________________________________________ 1) Enseignement universitaire (cours crédités)
Université de Yaoundé I — Enseignant, Département de biologie et physiologie végétales (2013–2018) • Contribution : Conception et prestation de cours théoriques et pratiques en génétique, biostatistique et bio-informatique, avec une approche centrée sur les compétences et l’analyse de données. • Rôle : Préparation des plans de cours, animation, conception de travaux pratiques (TP) basés sur des jeux de données biologiques ; accompagnement méthodologique des étudiant·e·s dans l’interprétation des résultats. • Approches / outils : Exercices appliqués sous R et SAS, études de cas, résolution de problèmes; progression vers l’autonomie (scripts, interprétation, communication scientifique). • Cours/UE enseignés : UE BOV 425 – Biologie moléculaire végétale ; UE BOV 204 – Étude des grandes fonctions métaboliques chez les végétaux. • Retombées : Renforcement des compétences en analyse de données et en raisonnement scientifique chez des cohortes de licence et cycles supérieurs ; intégration d’outils informatiques dans les pratiques d’apprentissage. Université Laval — Professeur invité, Département de phytologie (FSAA) (2020–2021; 05/2025–présent) • Contribution : Formation/mentorat par projets au sein d’activités de recherche-formation (M.Sc., Ph.D.), en lien avec des thématiques microbiome et intégration omique–environnement. • Rôle : Encadrement d’étudiant·e·s sur des projets mobilisant métagénomique (16S), analyses de réseaux, prédiction fonctionnelle et variables environnementales; soutien à l’organisation des analyses et à la structuration des livrables scientifiques. • Approches / outils: intégration “données omiques + mesures environnementales”, analyses et interprétation orientées « leviers de gestion »; reproductibilité par workflows/pipelines documentés. • Retombées : Développement de compétences appliquées en analyse omique/microbiome; contribution à des livrables en cours (p. ex. manuscrits/rapports en préparation).

________________________________________ 2) Formation continue, ateliers et transfert de compétences (Université Laval)
Université Laval — Enseignant-formateur (FSG, Formation continue) : Cours : « Avancées en bio-informatique : naviguez dans l’ère des big data génomiques et métagénomiques ». Un aperçu des modules est disponible ici : Fiche du cours et profil formateur. • Contribution : Conception et animation de modules de perfectionnement en analyses omiques et apprentissage automatique, destinés à des chercheurs et technicien·ne·s. • Rôle : Structuration de contenus “end-to-end” (principes, méthodes, démonstrations) et accompagnement vers la maîtrise de pipelines analytiques. • Approches / outils : apprentissage par la pratique; workflows et bonnes pratiques de reproductibilité (p. ex. pipelines, automatisation). • Retombées : Renforcement de la capacité des professionnel·le·s à exécuter et interpréter des analyses à haut débit et à structurer des flux analytiques reproductibles. Voici un bref aperçu de quelques commentaires recueillis auprès des apprenants de l’édition 2024 : Présentation des modules.
________________________________________ 3)Ateliers SymbioSol (bio-informatique / HPC / pipelines reproductibles)
• Contribution : Animation de modules de formation portant sur (i) initiation aux serveurs de calcul haute performance, (ii) programmation Unix/Linux et automatisation, (iii) pipelines reproductibles d’analyse microbiome/métagénomique. • Rôle : Formateur (conception, animation, accompagnement) pour un public de recherche (étudiant·e·s/chercheur·e·s/technicien·ne·s). • Retombées : Déploiement de compétences opérationnelles (HPC, Linux, automatisation, pipelines) directement mobilisables en analyse de données omiques. CRSNG/NSERC CREATE–NASER (2024–2030) — Enseignant-chercheur (FFGG-ULaval) • Contribution : Participation à un programme structuré de formation multidisciplinaire. • Modules enseignés : Conception expérimentale et analyse de données massives; Microbiomes associés aux sols et aux plantes. • Retombées : Formation de la relève à l’interface expérimentation–données massives–microbiomes, en cohérence avec les attentes d’un poste en analyse de données omiques.

Financement et bourses

• CRSNG / NSERC CREATE – NASER (Canadian Training Program on Nature-Based Solutions for Ecosystem Restoration) — 2024–2030 Enseignant-chercheur dans le cadre de la subvention obtenue du CRSNG et fonds internes de l’Université Laval, programme FONCER/CREATE, pour soutenir un programme structuré de formation et de recherche sur les solutions fondées sur la nature et la restauration des écosystèmes. \\ Établissement tête : Université Laval.
• Génome Québec -2026-2028 Co-chercheur dans le cadre du projet Génome Québec (Caractérisation omique et valorisation de cultures microbiennes symbiotiques d’Université Laval). \\ Établissement tête : Université Laval.
• Mitacs Accélération — 2021 Financement pour un projet portant sur la caractérisation de la complexité et de la distribution des variants structurels (SV) et variants nucléotidiques (SNV) dans une collection mondiale de types de cannabis (basal, sauvage, médicinal, chanvre), avec retombées directes pour la recherche et l’innovation.
• University of California, Davis – Africa Plant Breeding Academy (Class V) — 2020 Programme de perfectionnement professionnel (Seed Biotechnology Center, UC Davis) axé sur les principes avancés de l’amélioration des plantes pour des sélectionneurs africains; renforcement d’expertise en sélection, biométrie et intégration d’approches modernes.
• Bourse de recherche – Institut de biologie intégrative et des systèmes (IBIS), Université Laval — 2017 Soutien à des travaux de génotypage par séquençage (GBS) et d’analyses d’association génomique dans une collection de lignées de blé canadiennes et africaines.
• Bourse de mobilité – Agence Universitaire de la Francophonie (AUF) — 2016 Bourse de mobilité pour une immersion en séquençage de nouvelle génération (NGS) au Département de phytologie, Université Laval (Canada).
• AUF via l’École doctorale BIOVEG-AGRO – Bourses d’excellence doctorale — 2014–2017 Bourses d’excellence doctorale soutenant la formation et les travaux de thèse en génétique/biologie végétale.
• Commission européenne – Projet PAFROID (INTRA-ACP, lot Afrique) — 2014 Subvention (action N° 2013-4644/001-001, réf. \\ 384201-EM-1-2013-1-MG-INTRA_ACP) obtenue avec l’AUF pour des travaux en génétique et sélection du blé à l’Université de Stellenbosch (Afrique du Sud).
• Fondation Gates via WACCI (West Africa Center for Crop Improvement) — 2011 Bourse de recherche pour développer des variétés hybrides de maïs à haut rendement, tolérantes aux sols acides et à la toxicité aluminium et manganèse, avec objectifs de productivité et résilience en Afrique de l’Ouest.

Distinctions

- Lauréat du Projet 81506 : Québec / Congrès annuel de l'Acfas 2022 / Acfas - IJLCC_MÉ, 2022.
- Lauréat du 1er Prix d'Excellence de la Meilleure Communication Orale jeune chercheur à la 21ème conférence annuelle des Biosciences sous le thème : "Biosciences, OGM et Bio-révolution", 2014.
- Lauréat du 2ème Prix d'Excellence de la Meilleure Communication Orale lors de la 22ème Conférence Annuelle de BIOSCIENCES sous le thème : «Des Biosciences Innovantes pour une Agriculture Compétitive et Durable», Société des Biosciences. 12, 2015.

Publications et communications

A. Articles publiés dans des revues scientifiques
1. Tekeu, H., D’Astous-Pagé, J., Jeanne, T., & Hogue, R. (2025). High-throughput sequencing metabarcoding and network analysis elucidate the effects of soil fumigation and biostimulant on potato yield, rhizoctonia canker, and fungal community. Frontiers in Soil Science. doi: 10.3389/fsoil.2025.1559144
2. Eyango, N. M. C., Sounigo, O., Fouet, O., Tekeu, H., Djocgoué, F. P., Efombagn, M. I. B., et al. (2025). Genetic diversity and verification of plant material compliance of cocoa (Theobroma cacao L.) in the Barombi-Kang regional variety trial. PLOS ONE, 20(4), e0322169. doi: 10.1371/journal.pone.0322169
3. Tekeu, H., Jeanne, T., D’Astous-Pagé, J., Iquira, E., & Hogue, R. (2023). Artificial Neural Network inference analysis reveals the impact of biostimulant on bacterial communities in fumigated soil for potato production against common scab. Frontiers in Soil Science. doi: 10.3389/fsoil.2023.1208909.
4. Tekeu, H., Jean, M., Ngonkeu, E. L. M., & Belzile, F. (2023). Machine Learning-GWAS reveals the role of WSD1 gene for cuticular wax ester biosynthesis and key genomic regions controlling early maturity in bread wheat. bioRxiv. doi: 10.1101/2023.11.03.565125.
5. Tekeu, H., Ngonkeu, E., Bélanger, S., Djocgoué, P., Abed, A., Torkamaneh, D., Boyle, B., Tadesse, W., Jean, M., & Belzile, F. (2021). GWAS identifies an ortholog of the rice D11 gene as a candidate gene for grain size in an international collection of hexaploid wheat. Scientific Reports, 11, 19483. doi: 10.1038/s41598-021-98626-0.
6. Wani, G. A., Khan, M. A., Dar, A. M. A., Tekeu, H., Shah, M. A., Reshi, Z. A., & Khasa, D. P. (2022). Clonality in invasive alien macrophytes in Kashmir Himalaya: a stage-based approach. Aquatic Sciences, 84, 12. doi: 10.1007/s00027-021-00843-2.
7. Wani, G. A., Shah, M. A., Tekeu, H., Reshi, Z. A., Atangana, A. R., & Khasa, D. P. (2020). Phenotypic variability and genetic diversity of Phragmites australis in Quebec and Kashmir reveal contrasting population structure. Plants, 9(10), 1392. doi: 10.3390/plants9101392.
8. Kyalamakasa, J. M. K., Mulambi, M. M. M., Mukonzo, E. K. L., Shutcha, M. N., Tekeu, H., Nkombe, A. K., & Khasa, D. (2021). Early selection of tree species for regeneration in degraded woodland of southeastern Congo Basin. Forests, 12(2), 117. doi: 10.3390/f12020117.
9. Heu, A., Mboussi, S. B., Kone, N. A. N., Ngome, A. F., Ngoh Dooh, J. P., Tekeu, H., et al. (2021). Phenotypical characterization of cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions in Cameroon’s mono-modal rainforest zone. International Journal of Environment Agriculture and Biotechnology, 6(1), 164–174. doi: 10.22161/ijeab.
10. Tchuisse, M. N., Ngonkeu, E. L. M., Malaa, D. K., Tekeu, H., Mballa, T., Galani, J. H. Y., Nji, A., & Boudjeko, T. (2020). Grain morphological characterization and protein content of sixty-eight local rice (Oryza sativa L.) cultivars from Cameroon. African Journal of Plant Science, 14(1), 24–35. doi: 10.5897/AJPS2019.1921.
11. Mam, C. E., Ngonkeu, E. M. L., Tekeu, H., et al. (2020). Factor analysis of morphological characters in wheat (Triticum aestivum L.) lines evaluated in low altitude conditions of the bimodal humid forest zone of Cameroon. Journal of Plant Breeding and Crop Science.
12. Djocgoué, P. F., Damdjo, A., Tékeu, H., Foko, A., Tsimi, P., Mam, C. E., Manga, J. D., Effa, P. O., Ngonkeu, E. M. L., & Botes, W. C. (2019). Molecular and physiological characterization of bread wheat breeding lines for fungal diseases tolerance. African Journal of Biotechnology.
13. Tekeu, H., Tandzi, L. N., Ngonkeu, E. E. M., & Djocgoué, P. F. (2021). Line × Tester analysis and potential for aluminum and manganese tolerance in an international collection of maize. Current Advances in Chemistry and Biochemistry, 4, 96–110. doi: 10.9734/bpi/cacb/v4/7965D.
14. Tekeu, H., Ngonkeu, E. M. L., Tandzi, N. L., Tagne, A., & Djocgoué, P. F. (2021). Agro-morphological characterization of maize hybrids under acid soils in two contrasting environments. Journal of Agricultural Science, 13(3). doi: 10.5539/jas.v13n3p32.
15. Kamko, J. D., Tchiechoua, Y. H., Ngonkeu, E. L. M., et al., Tekeu, H., et al. (2020). Effect of arbuscular mycorrhizal fungi used as biofertilizer for the vegetative propagation of Prunus africana. International Journal of Plant Research, 10(3), 53–60. doi: 10.5923/j.plant.20201003.02.
16. Tekeu, H., Bena, G., et al. (2017). Genetic diversity of Cameroonian bread wheat cultivars revealed by microsatellite markers. African Journal of Biotechnology, 16(36), 1832–1839. doi: 10.5897/AJB2017.16090.
17. Tekeu, H., Ngonkeu, E. M., Navabi, A., Djocgoué, P., Bélanger, S., Lemay, M.-A., et al. (2015). Evaluation of maize accessions using Line × Tester analysis for aluminum and manganese tolerance. International Journal of Biological and Chemical Sciences, 9(4), 2161–2173. doi: 10.4314/ijbcs.v9i4.36.
18. Tandzi, N. L., Ngonkeu, E. L. M., Nartey, E., et al., Tekeu, H., et al. (2015). Morphological characterization of selected maize inbred lines under acid soil conditions. International Journal of Current Research, 7(05), 15538–15544.
19. Petmi, C. L., Ngonkeu, E. L. M., Tandzi, N. L., et al., Tekeu, H., et al. (2016). Screening of maize genotypes for adaptation on contrasted acid soils in the humid forest zone of Cameroon. Journal of Experimental Agriculture International, 14(6), 1–15. doi: 10.9734/JEAI/2016/29333.
20. Mballa, T. A. N., Ngonkeu, E. L. M., Malaa, D. K., et al., Tekeu, H., & Woin, N. (2017). Field evaluation of NERICA 8 and JL24 spatial arrangement on agronomic traits. Annual Research & Review in Biology, 12(1), 1–14.
21. Mballa, T. A. N., Malaa, D. K., Ngonkeu, E. L. M., et al., Tekeu, H., & Woin, N. (2018). Potential role of groundnut stover in soil nutrient management for sustainable rainfed upland rice production. Annual Research & Review in Biology, 22(1), 1–13.
_______________________________________ B. Livres / monographies
• Rappuoli, R., Pizza, M., Puglia, A. M., Bagnoli, F., & Aminov, R. (Eds.). (2026). Expert opinions: Save the microbes to save the planet [Frontiers Research Topic e-book]. Frontiers Media SA. https://doi.org/10.3389/978-2-8325-7300-6 Contribution : Tekeu, H., et al. Frontiers in Soil Science, 5, Article 1559144.
• Tekeu, H., Ngonkeu, E., & Djocgoué, F. (2019). Tolérance aluminique et manganique chez les hybrides de maïs. Éditions universitaires européennes. (ISBN-13: 978-613-8-45376-5).
• Tekeu, H., Tandzi, L. N., Ngonkeu, E. E. M., & Djocgoué, P. F. (2021). Line × Tester analysis and potential for aluminum and manganese tolerance in an international collection of maize. Current Advances in Chemistry and Biochemistry, 4, 96–110. doi: 10.9734/bpi/cacb/v4/7965D.
________________________________________ C. Communications scientifiques (congrès, ateliers, actes / résumés)
• Outils métagénomiques et modélisation prédictive pour relier rotations, microbiome du sol et maladies du tubercule dans des systèmes pomme de terre-engrais verts | Honoré Tekeu, Joël D’Astous-Pagé, Thomas Jeanne, Richard Hogue. \\

• Impact de l’utilisation de bactéries bénéfiques sur la disponibilité de l’azote et du phosphore et l’expression du gène associé | Heidi Shore, An Nguyen Thi Thuy, Honoré Tekeu, Adam Barrada, Annie Brégard, Martine Dorais, Yves Hurtubise. \\

• Tekeu H, Thériault L., Steeve P, Jeanne T, Hogue R, Dorais M.(2025). Substrat et statut hydrique pilotent la biodiversité microbienne et le cycle de l’azote en culture hors-sol. SymbioSol :25-27 Octobre 2025, Université Laval. (https://event.fourwaves.com/fr/symbiosol/resumes/a9a923bc-7ad2-4e36-b30f-8f0fe6aa660b). \\

• Tekeu H, Thériault L., Steeve P, Jeanne T, Hogue R, Dorais M.(2025). Métagénomique, réseaux microbiens, prédiction fonctionnelle et irrigation de précision : optimiser le cycle de l’azote par les données massives en agriculture hors-sol. Rapport– Chaire Bio (Axe 3), Université Laval, Québec, canada, 36 p.
• Nguyen, T.T.A, Tekeu, H., Thériault, L., Thomas J., Pepin, S., Richard H., and Dorais, M. (2026). Moisture and organic fertilizers shape bacterial communities and nitrogen cycling in peat wood fiber-based growing media, IHC2026: International Symposium on Sustainable Plant Production in Greenhouse Horticulture and Protected Cultivation.
• Tekeu, H., Botes, W. C., Jean, M., Boucher-St-Amour, V.-T., Ellis, A., & Belzile, F. (2022). L’analyse de traits racinaires de lignées de blé révèle des haplotypes associés à la résistance aux sols acides autour des gènes MATE1B et ALMT1. ACFAS (communication). \\

• Tekeu, H., Jean, M., & Belzile, F. (2017). Genetic diversity and identification of QTLs for important yield components in hexaploid wheat using GBS. Journées du Centre SÈVE (communication). • Tekeu, H., et al. (2018). Identification of QTL and candidate gene for essential yield components in hexaploid wheat. 4th Canadian Wheat Symposium (communication).
• Tékeu, H., Ryan, P. R., Djocgoué, F. P., Ellis, A., Ngonkeu, E. M. L., & Botes, W. C. (2016). Evaluation of hexaploid wheat for aluminum tolerance. 3rd Canadian Wheat Symposium (communication).
• Tekeu, H., et al. (2020). Identification of new genomic sources for aluminum tolerance in hexaploid wheat breeding lines using phenotypic and genotypic screening. Natural Products / Journal of Plant Biology and Agriculture Sciences (communication).
________________________________________ D. Rapports techniques / missions
• Tekeu, H. (2013). Molecular markers and their applications in breeding programs of dry cereal in West Africa. Rapport de mission / atelier régional (CERAAS, Thiès, Sénégal), 28 p.
• Tekeu, H (2025). Propriétés physiques des substrats et disponibilité de l'azote en horticulture biologique (Rapport– Chaire Bio (Axe 3), Québec, canada), 9 p.
• Tekeu, H (2025). Microbiome, Irrigation et fertilisation organique pour une gestion durable de l’azote et du phosphore en culture hors-sol (Rapport– Chaire Bio (Axe 3), Québec, canada), 36 p.