En manchette en 2019
L'actualité du CEF en profondeur
14 novembre 2019
Des étudiant du CEF participent à une formations de pointe en génétique
Texte de Anthony Piot, Ming Ming Cui et Roos Goessen
En septembre dernier, les cours Physalia étaient de retours à l’IBIS sur le campus de l’Université Laval pour deux groupes de travail différents, Génomique de la Spéciation et Introduction au GWAS. Cette année encore nous avons eu la chance de participer à l’un de ces cours, celui d’introduction au GWAS (acronyme de Genome-Wide Association Study).
Cette formation de cinq jours donné par Filippo Biscarini et Eric Normadeau nous a permis de nous familiariser avec les test d’associations génétiques au travers de différents environnements informatiques (R, Python et Unix).
Cette formation fut enrichissante et sera utile dans la réalisation de nos projets de doctorat respectifs. Nous remercions nos directeurs ainsi que le CEF qui nous ont permis de participer à ce groupe de travail.
22 octobre 2019
Deux étudiantes de l’UQAC participent au 8th World Conference on Ecological Restoration en Afrique du Sud
Texte et photos Sophie-Ann Renald et Alyson Gagnon
Le 24 septembre dernier débutait une expérience hors pair pour deux étudiantes à la maîtrise en ressources renouvelables de l’Université du Québec à Chicoutimi. Ces deux étudiantes, c’est nous: Sophie-Ann Renald et Alyson Gagnon, qui travaillons sur un projet d’évaluation de scénarios de restauration de parcs à résidus miniers combinant l’utilisation d’amendements organiques et le reboisement avec des espèces ligneuses.
Du 24 au 28 Septembre se tenait donc la 8th World Conference on Ecological Restoration à Cape Town en Afrique du Sud. Le Congrès s’est ouvert avec une très belle réception de bienvenue qui a rappelé l’urgence climatique dans lequel on se trouve, le rôle de la restauration des écosystèmes et qui a été ponctuée par quelques prestations de danses traditionnelles africaines.
Durant la soirée du 25 a eu lieu la séance de présentation des affiches. Nous étions plus de 170 personnes à discuter et expliquer notre projet aux participants venus de partout dans le monde. C’était à la fois motivant et stressant, mais tellement enrichissant.
Les présentations auxquelles nous avons assistées lors de la conférence traitaient principalement de le restoration des mines, des prairies, des tourbières et des récifs marins. Dans l’ensemble, elles nous ont outillées pour justifier, préparer et vendre des projets de restauration. Elles nous ont aussi aidées à orienter notre future carrière et ont piqué notre curiosité sur des futurs sujets d’études. Le sujet de la crise d’eau qui se déroule présentement à Cap town a été un sujet abordé lors de la conférence, car les mesures mises en place pour régler la problématique concernaient la gestion des espèces envahissantes.
Dans l’ensemble, le congrès était très bien organisé, la nourriture excellente et les présentations de grande qualité.
Note aux intéressés: Québec accueillera le Québec RE3 Conference 
organisée par le SER, le CLRA et le SWS du 7 au 11 Juin 2020 à l’aube de la UN Decade of Ecosystem Restoration (2021-2030).
25 septembre 2019
Une étudiante du CEF étudie l'accélérométrie en Israël
Texte et photos Manon Sorais
Ibis s’alimentant dans un bassin d’aquaculture asséché dans les environs de Beit Shean
23 kg et 40 Go. Le poids de mes bagages au départ de Montréal en mai dernier ne reflétait pas la densité de mon précieux chargement et pourtant j’emportais avec moi plusieurs dizaines de milliards de données à destination de l’Université de Tel Aviv (Israël), au laboratoire du Dr. Orr Spiegel. C’est toute la beauté du progrès technologique, particulièrement celui de la biotélémétrie qui permet désormais de suivre précisément les mouvements d’animaux sauvages pendant plusieurs jours et de collectionner des mines de renseignements sur une clé USB. L’exploration de ces mines, c’est tout le défi du progrès. Et pour éviter de me perdre en route, je partais à la rencontre d’un des meilleurs guides.
En décembre 2018, Orr Spiegel venait à l’Université du Québec à Montréal où il présenta ses travaux de recherche. Il s’intéresse à l’étude du mouvement de la faune sauvage et plus particulièrement à la façon dont l’utilisation de l’espace influence certains procédés écologiques et évolutifs. L’ensemble de ses réalisations est brillant, mais c’est sa méthode d’analyse de l’accélérométrie qui retient mon attention. En mesurant l’accélération d’un animal suivi à distance à l’aide d’un accéléromètre triaxial miniature (mesure de l’accélération d’un animal selon les trois dimensions de l’espace), Orr Spiegel est capable d’identifier les différentes phases comportementales de cet animal. C’est que j’ai moi-même mesuré l’accélération de plus de 70 goélands urbains pendant mes trois années d’échantillonnage! J’espérais bien utiliser cette énorme base de données pour mieux comprendre ce que faisaient ces oiseaux quand ils disparaissaient de mon champ de vision et le lien qui peut exister entre leur comportement et le stress toxicologique inhérent à l’espace urbain. Par ailleurs, consciente de l’immensité du potentiel encore inexploité de la biotélémétrie, il me semblait qu’apprendre à maitriser l’accélérométrie serait une belle corde ajoutée à mon arc pour poursuivre dans l’étude de l’impact des modifications environnementales sur la faune sauvage. J’ai donc approché Orr Spiegel pour lui proposer de collaborer au dernier chapitre de ma thèse de doctorat.
Les bouquetins de Nubie gardent l’entrée du désert du Néguev à Midreshet Ben-Gurion
Cinq mois plus tard, je prenais l’avion pour Tel Aviv, où j’allais effectuer un stage de trois mois au labo Spiegel (Movement ecology and individual behavior laboratory, Université de Tel Aviv). L’accueil y a été des plus chaleureux (autant que la température extérieure), je me suis très vite sentie membre de l’équipe. Le labo Spiegel compte une étudiante à la maitrise, quatre étudiants au doctorat, un stagiaire post-doc et une assistante de recherche. La plupart des projets de recherche concernent les oiseaux, mais on étudie aussi les cervidés en réintroduction. De façon générale, tout le monde essaye aussi de mieux comprendre cette fameuse interaction entre le comportement et l’environnement. J’ai d’ailleurs eu l’opportunité d’accompagner mes collègues sur leurs terrains d’étude et de voir en application de nouvelles méthodes d’observation du mouvement et du comportement. Mais le grand projet du labo Spiegel, c’est l’installation et l’exploitation d’un système Atlas à travers toute la Vallée d’Harod, une région fortement anthropisée dans l’est du pays. Le système Atlas est une invention israélienne. Il consiste à quadriller un espace donné d’antennes de réception radio coordonnées afin de détecter en temps réel la position d’un certain nombre d’animaux marqués et même de mesurer d’autres données comme l’accélération. Le système est un outil puissant qui fait déjà ses preuves à travers d’autres programmes de suivi locaux et j’ai eu la chance de participer à l’installation des premières antennes. Quand le système sera fonctionnel, on débutera une grande étude de la connectivité des populations animales à l’intérieur de ce paysage fragmenté par l’urbanisation, l’agriculture et l’aquaculture.
L’équipe du labo Spiegel fière d’avoir érigé la seconde antenne du système Atlas de lavallée d’Harod en Mai 2019
C’est dans ce contexte stimulant et sous la supervision de Orr Spiegel que j’ai entrepris l’analyse de mon jeu de données, des milliards de mesures d’accélération desquelles je devais tirer l’identification des différentes phases comportementales des oiseaux que j’avais suivis pendant deux semaines. Ce fut un véritable travail de fourmi. La première étape était la plus longue mais l’œil expert de Orr Spiegel orientait ma progression: il s’agissait de recouper les comportements observés avec l’accélération mesurée. On projette l’accélération en fonction du temps et on détermine quel motif de la courbe associer avec un comportement donné. C’est surprenant de constater que deux comportements d’apparence similaire peuvent montrer des motifs d’accélération très distincts. Ensuite, il faut entrainer un algorithme à reconnaitre ces phases comportementales à partir de l’accélération d’oiseaux qui n’étaient pas directement observés. Orr Spiegel a contribué à l’élaboration de AcceleRater, un logiciel qui permet d’entraîner plusieurs types d’algorithmes et de comparer leur performance, ce qui a considérablement accru l’efficacité et la force de ma démarche. À la fin de mon stage qui a semblé se dérouler à la vitesse de la lumière, j’avais complété l’élaboration d’un nouveau programme d’analyse et identifié les différents comportements d’une trentaine d’oiseaux suivis à distance. Aujourd’hui de retour à l’UQÀM, je compare le comportement de ces oiseaux, notamment les phases d’alimentation, à l’accumulation de certains contaminants d’origine anthropique mesurée dans leurs tissus. De cette collaboration fructueuse naitra un aspect fondamental du quatrième chapitre de ma thèse de doctorat et possiblement de futures collaborations.
À travers ce stage, j’ai saisi l’opportunité d’ « accélérer » une partie de l’analyse des données que j’ai recueillies au cours de mon doctorat, de côtoyer des experts de l’étude du mouvement et de me familiariser avec de nouvelles méthodes et techniques innovantes que je saurai implémenter dans mes travaux futurs. Je tiens à remercier mon co-directeur Marc Mazerolle et le Centre d’étude de la forêt qui a apporté son soutien financier à ce projet (Bourse de stage à l’étranger), tout comme le programme MITACS Globalink et le Centre de la Science de la Biodiversité du Québec. Finalement et surtout, ce séjour fut une formidable occasion de découvrir un pays, une culture et un peuple des plus étonnants qui me laissent un souvenir impérissable. Je ne saurais jamais assez remercier Orr Spiegel, Michal Handel, Michael Bar Ziv, Mia Maor, Snir Halle, Nili Anglister, Yotam Orchan, Tovale Solomon, Guilad Friedemann et Shai Cahani pour leur accueil, leur aide et leur amitié.
11 septembre 2019
Deux étudiants du CEF au North American Duck Symposium
Texte et photos Antoine Adde et ÉmilieDesjardins
Plus de 300 étudiants, chercheurs et autres participants se sont retrouvés du 26 au 30 août à Winnipeg lors de la huitième édition du North American Duck Symposium (NADS) pour échanger sur leurs récents travaux de recherche. Les séances plénières, qui ont ponctué chaque journée de la conférence, ont traité de sujets aussi variés que l’importance de la dimension humaine et des services écosystémiques dans la recherche en conservation de la sauvagine, du rôle de la chasse pour la gestion des populations, et des défis posés par les changements climatiques.
Deux étudiants du CEF étaient présents au NADS afin de présenter leur projet. Desjardins, étudiante à la maîtrise à l’UQAT, a présenté une affiche concernant l’utilisation des parcs à résidus miniers par la sauvagine en milieu boréal. Antoine Adde, étudiant au doctorat à l’Université Laval, a effectué une présentation orale portant sur la modélisation spatiotemporelle de 18 espèces de sauvagine à l’échelle pancanadienne.
Winnipeg n’a pas été sélectionnée de façon anodine pour accueillir le NADS cette année. En effet, il se trouve que la ville se situe au cœur de la région des Prairies canadiennes, aussi connue pour faire partie de la « North America's Duck Factory ». Une sortie dans les marais de Oak Hammock, à une vingtaine de kilomètres au nord de Winnipeg, a d’ailleurs été proposée aux participants de la conférence. Organisée peu avant le crépuscule, la visite du site a permis l’observation d’une grande diversité d’espèces d’oiseaux, et en particulier de sauvagine!
Nous aimerions remercier le CEF et nos directeurs de recherche Nicole Fenton, Louis Imbeau, Steven Cumming et Marcel Darveau qui nous ont donné l’opportunité d’assister à cette conférence. L’expérience a été une excellente occasion de diffuser les résultats de nos projets et d’échanger avec la communauté de la sauvagine.
17 juin 2019
Le CEF était bien présent au 4ème Congrès mondial sur l’agroforesterie
Texte et photos Elvire Djiongo
Quatre étudiants au doctorat de l’Université Laval et membres du CEF ont pris part au quatrième congrès mondial en Agroforesterie qui s’est tenu à Montpellier du 20 au 22 mai 2019. Il s’agissait de Degi Asmara qui a fait une communication orale, de Rodrigue Daassi, Étienne Yusufu et Elvire Djiongo qui ont présenté des affiches relatives à leurs projets de recherche respectifs. Les thèmes de recherche présentés par ces étudiants concernaient plusieurs aspects associés aux pratiques agroforestières. Il s’agissait entre autres du lien entre l’agroforesterie et les changements climatiques, de l’agroforesterie et la conservation de la biodiversité, de la restauration des sites miniers et des sols maraichers à travers des pratiques agroforestières, de la productivité agricole des systèmes agroforestiers ou encore de l’adoption de ces pratiques par les agriculteurs. Les projets de recherche étaient en accord avec les problématiques évoquées au cours des différentes sessions du congrès sur l’agroforesterie.
Sur le plan global, le congrès a été marqué par de nombreux points forts lors des sessions plénières, notamment l'intervention de Patrick Worms du World Agroforestry, président de la Fédération européenne d’Agroforesterie qui a dit ceci: " Pour la première fois, ce congrès mondial a rassemblé un nombre égal de participants de régions tropicales et tempérées où le regain d'intérêt pour l'agroforesterie est plus récent". L'agroforesterie n'est plus exclusivement une affaire des tropiques. Cristian Dupraz, principal organisateur et membre du CIRAD, a rappelé ce qui suit: "Avec l’agroforesterie, nous proposons des systèmes agricoles plus complexes, mais beaucoup plus riches et performants, plus proches de la nature." Bref de nombreuses informations d’actualités et les résultats des recherches récentes ont été présentés lors de ce congrès.
Lors du mot de clôture, les intervenants se sont adressés aux décideurs, gouvernements et régulateurs de l’économie mondiale quant à la nécessité d’accélérer la conception et la mise en place de mécanismes légaux, réglementaires et de soutient afin d'encourager l'adoption généralisée de l'agroforesterie. A l’unamité, les participants ont adopté la « Déclaration de Montpellier », intitulée « Make our planet treed again! ». Notre planète a besoin d’arbres! Notre participation a été riche de belles découvertes aussi bien sur le plan scientifique qu’humain.
Nous remercions grandement le CEF et nos directeurs respectifs de nous avoir offert cette opportunité de participer à ce Congrès.
24 mai 2019
Découvrir la biodiversité du sol forestier au CPE!
Texte et photos de Tanya Handa
La chercheure et membre du CEF Tanya Handa et son équipe de stagiaires ainsi que certains anciens étudiant.e.s gradué.e.s ont conçu et animé une série d'ateliers sur la faune du sol forestier ce printemps. Suite à l'atelier que le labo Handa a offert à l'école primaire Montarville le 8 mai 2019 à trois classes de 6e année en collaboration avec Virginie Bachand-Lavallée de la Fondation du Mont-Saint-Bruno, l'équipe a relevé le défi d'adapter et d'offrir les ateliers découvertes pour les enfants de 4-5 ans du CPE de l'UQAM le 23 mai 2019. Ce fut un franc succès où les enfants ont pu observer et manipuler les arthropodes, se familiariser avec les différents phénotypes ainsi que les différentes interactions qui existent dans le sol et lors du processus de décomposition de la matière morte! Les enfants ont même inventé et dessiné leurs propres invertébrés avec une imagination sans fin. Bravo à Justine Floret, Éléonore Dansereau Macias-Valadez, Essivi Gagnon Koudji, Laurent Rousseau et Laura Raymond-Léonard qui ont prêté main forte pour assurer ces activités de vulgarisation scientifique.
7 mai 2019
Un succès pour le 13e Colloque du CEF
Texte et photos des professionnels du CEF
Le Colloque du CEF a encore été un franc succès cette année. Plus de 240 chercheurs et étudiant-chercheurs se sont donnés rendez-vous à l’Université du Québec à Chicoutimi du 1 au 3 mai pour partager leurs derniers résultats en sciences forestière. Maurizio Mencuccini, chercheur à l’ICREA en Espagne, a ouvert le bal avec une conférence durant laquelle il a montré comment les connaissances sur les processus physiologiques des plantes pouvaient améliorer les prédictions liées aux changements climatiques. Il a été suivi par quatre nouveaux chercheurs du CEF: Audrey Maheu, Marie Guittonny, Guillaume de Lafontaine et Juan Carlos Villarreal Aguilar qui ont chacun présenté leurs projets de recherche. Une occasion en or de recruter de nouveaux étudiants et d'accroître les collaborations! La deuxième journée de conférence s’est close avec une table ronde cherchant "Comment concilier les différentes fonctions de la forêt pour les prochaines générations?" La question a suscité de bonnes réflexions des cinq intervenants et du public. Si vous l'avez manquée, vous pourrez la visionner bientôt sur CEF-TV .
Le comité d’organisation local de l’UQAC, qui a fait un travail extraordinaire, avait aussi organisé des activités pour encourager le réseautage. Le souper à La Pulperie de Chicoutimi a été agrémenté par la « Sapin du bon sens », une bière brassée spécialement pour l’occasion par Lionel Navarro, un étudiant de l’UQAC. Les participants se sont aussi réunis jeudi pour un 5 à 7 qui mariait l’art et la forêt avec le vernissage de l’oeuvre audiovisuelle « Symphonies boréales » de Maxence Martin.
Une centaine de participants sont restés pour la 3e journée du Colloque réservée aux ateliers et à l’excursion. Une quarantaine de chanceux ont pu voir des oies des neiges et des bernaches aux battures de St-Fulgence durant l’excursion. Ils ont ensuite constaté que l’hiver n’était pas encore terminé au parc des Monts-Valin alors qu’ils s'enfonçaient encore dans la neige jusqu’aux genoux! Pour certains, ce fut la première visite d’une bleuetière à Saint-Honoré. Tout le monde a aussi été très impressionné par l’équipement nécessaire pour entrer sur le site de la mine Niobec. Mais l’effort d’enfiler le tout a été récompensé, car ils ont eu la chance de pénétrer sur un site que peu peuvent visiter et d’observer les résultats de la restauration du parc à résidus miniers.
Félicitations à Diane Auberson-Lavoie et Janie Lavoie, les deux étudiantes qui se sont démarquées cette année. La première, étudiante de l'Université de Sherbrooke sous la supervision de Mark Vellend, a gagné le prix du jury pour sa présentation intitulée "Causes et conséquences du broutage du trille rouge sur un gradient élévationnel". La deuxième, étudiante de l'UQAC sous la supervision d'Hubert Morin et Miguel Montoro Girona, a gagné le prix du public pour son affiche intitulée "Impacts de la tordeuse des bourgeons de l’épinette sur la régénération de l’épinette noire après une coupe avec protection de la régénération et des sols (CPRS)".
Un grand merci au comité organisateur local à l’UQAC et à tous les bénévoles. Une mention spéciale à Cornelia Krause qui s’est démenée avant et pendant le colloque pour nous offrir une édition 2019 absolument mémorable.
8 janvier 2019
Etude de la biodiversité des Lasiosphaeriaceae du sol et des excréments d’herbivores du Québec
Texte et photo de Philippe Silar , Professeur de l’Université Denis Diderot, Paris – France, membre du Laboratoire Interdisciplinaire des Énergies de Demain, en CRCT à L’Université Laval, Québec
Au cours de mon congé sabbatique de quatre mois, je me propose de mieux cerner la diversité des Lasiosphaeriaceae du Québec en isolant à partir d’échantillons de sols, de débris végétaux et d’excréments d’herbivores de nouvelles souches. Actuellement la diversité et les rôles écologiques des Lasiosphaeriaceae sont mal connus. Ces champignons inoffensifs sont pourtant très fréquents dans les sols. Par exemple, j’ai isolé de nombreuses souches, incluant probablement des espèces nouvelles pour la science, à partir de quasiment tous les échantillons que j’ai examinés!
Dans les écosystèmes terrestres, en particulier dans les écosystèmes forestiers, une large fraction de la biomasse végétale ligno-cellulosique est recyclée en CO2 par les champignons filamenteux. Même si elle est préalablement ingérée par des herbivores, la plus grande partie du carbone se retrouve dans leurs excréments. Ceux-ci vont être colonisés par un cortège spécifique de champignons qui va terminer de digérer la lignocellulose. Dans tous les cas, l’action de digestion de la biomasse végétale conduit à la production d’acides humiques qui participent à la rétention dans les sols des sels minéraux et de l’eau, assurant ainsi leur santé. La pousse des plantes n’est donc pas seulement favorisée par leurs symbiotes mycorhiziens mais aussi par les champignons de la litière et des excréments. Si les macromycètes saprotrophes sont bien connus et sujets de nombreuses études sur leur capacité à dégrader la biomasse, ce n’est pas le cas du cortège des micromycètes qui colonisent les sols et les excréments. C’est le cas par exemple des espèces appartenant à la famille des Lasiosphaeriaceae. Pourtant, certaines espèces se révèlent être de bons modèles pour analyser les modalités de dégradation de la biomasse, comme Podospora anserina, un champignon coprophile, facile d’utilisation au laboratoire et dont le génome contient de nombreux gènes codant des enzymes de dégradation de la cellulose et de la lignine.
Quelques espèces de Lasiosphaeriaceae:
Podospora anserina sur cure-dent
Podospora fimiseda sur copeaux
Zopfiella tetraspora sur foin.jpg
Les Lasiosphaeriaceae ont longtemps été négligés en comparaison de leurs cousins proches appartenant aux familles des Sordariaceae (famille contenant les champignons modèles Neurospora et Sordaria) et des Chaetomiaceae (contenant de nombreux champignons d’intérêt industriels comme les Chaetomium, Myceliophthora ou Thielavia). Il est à noter que les Lasisophaeriaceae sont plus divers que les Sordariaceae et les Chaetomiaceae et qu’ils se répartissent en 4 clades dont le statut attend une révision taxonomique. Ces champignons commencent à voir un regain d’intérêt. En effet, des projets de séquences de leurs génomes ont été acceptés par le Joint Genome Institute (JGI) , dont les activités sont financées par le « US Department of Energy ». Le projet ambitieux , récemment accepté en juillet 2018 et auquel je participe directement en tant qu’investigateur principal auprès de P. Gladieux, responsable du projet, propose de séquencer les génomes des centaines de souches d’espèces différentes. Comme dans le cas de P. anserina, les génomes seront explorés pour la présence d’enzymes d’intérêt pour les industries forestières comme ceux impliqués dans la dégradation de la lignocellulose ou de molécules potentiellement toxiques (xénobiotiques polluants).
Chambres humides
Des échantillons des sols et de débris végétaux provenant de diverses régions de Québec ont été incubés dans des chambres humides ou mis en culture sur boites de Petri. Des excréments d’herbivores ont été généreusement fourni par Steeve Côté, Julien Hénault Richard, Véronique Cloutier & André Desrochers. Ils ont aussi été incubés en chambres humides.
La découverte d’un caractère partagé par la grande majorité des espèces d’un des clades (le clade IV est caractérisé par la présence de structures micro-sclérotiques orangées facilement détectées à la loupe binoculaire) facilite leur isolement. Ce critère est utilisé pour les isoler à partir de sols et d’excréments. Pour les autres clades, l’identification se fait principalement à partir des fructifications (voir les photos d’espèces connues) qui sont détectées sur les excréments et les fragments végétaux en cours de dégradation. Plusieurs dizaines de souches candidates ont déjà été isolées après repiquage sur milieux appropriés. La campagne a donc été très fructueuse et mon congé sabbatique a atteint son but!
Quelques souches isolées à partir de sols de l’Université Laval
L’identification finale des souches ainsi isolées se fera à mon retour en France sur des critères morphologiques mais aussi via l’établissement de leur séquence code-barre (la région ITS située entre les gènes des ARN 18S et 28S).
Pour finir, je tiens à remercier chaleureusement l’ensemble des collègues du CEF qui ont rendu mon séjour agréable et productif, en particulier Louis Bernier pour son invitation à séjourner dans son laboratoire durant quatre mois.
