Jonathan Cazabonne

Maîtrise
Mycologie forestière
Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue

Institut de Recherche sur les Forêts (IRF)
Groupe de Recherche en Ecologie de la MRC Abitibi (GREMA)
Campus d'Amos, 341 Rue Principale N
Amos (Québec) Canada J9T 2L8
Bureau 5023
Tel. Office (819) 732-8809 poste 8330

Directeur: Miguel Montoro Girona
Codirecteur: Annie DesRochers

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FORMATION

• Candidat M. Sc. en écologie et aménagement des écosystèmes forestiers, Université du Québec en Abitibi Témiscamingue (UQAT), IRF GREMA , Québec, Canada. Superviseurs: Miguel Montoro Girona  et Annie Desrochers  (2022-présent)
• Candidat indépendant M. Sc. en Ecologie et Evolution, 1er semestre, Université Paul Sabatier, Toulouse, Superviseurs: Monique Gardes  , Patricia Jargeat  et Hervé Gryta  (2021-2022)
• B. Sc. en Biologie - Sciences de la Vie, BOPE (Biologie des Organismes, Populations et Ecosystèmes), spécialité Physiologie, diversité et systématique des plantes; obtenu avec les honneurs (3/191). Université Paul Sabatier, Toulouse (2020-2021)
• Classes préparatoires aux grandes écoles (CPGE), BCPST (Biologie, Chimie, Physique et Sciences de la Terre), Lycée Général et Technologique Agricole de Toulouse-Auzeville (2018-2021)
• Baccalauréat Scientifique, Sciences de la Vie et de la Terre, option Européenne (mention Très Bien), Lycée Catholique Saint Gabriel, Saint-Affrique, France (2018)

PROJET DE MAITRISE

Imaginez que depuis votre plus tendre enfance, vous viviez dans une belle maison que vous connaissez sur le bout de vos doigts. Vous croquez la vie à pleine dents, quand soudain, vous découvrez l’existence d’une trappe qui vous mène vers le sous-sol de votre maison. Et quelle ne fut pas votre stupeur de vous rendre compte que ce sous-sol est peuplé de millions de personnes, et vous n'étiez même pas au courant... Est-ce que vous imaginez le sentiment que cela peut procurer, une telle découverte ? Et bien c’est ce qu’il s’est passé il y a une 20aine d’année pour nos forêts, avec l’avènement des outils moléculaires.

Illustration des différents horizons d'un sol forestier sur les eskers
(dominance pin gris). Crédit photo: Jonathan Cazabonne

Pas de panique, vous allez voir, c’est très simple. Au quotidien, il est facile d’identifier les êtres vivants et individus à l’œil nu. Mais pour d’autres organismes, notamment ceux qui sont invisibles, ce n’est pas aussi facile. Pour eux, se baser que sur le visuel n'est pas suffisant, il manque quelque chose. Et ce quelque chose, c’est l’ADN. Tous les organismes vivants ont une empreinte unique au niveau de leur matériel génétique qui permet de les identifier. Aujourd’hui, on arrive à extraire cet ADN d’organismes présent dans l’environnement et à dire qui se cache, même si on ne les voit pas. C’est comme ça qu’on s’est rendu compte que les sols forestiers renfermaient en réalité une importante diversité de microorganismes, et notamment, de champignons.

Photographie de la dermatose des russules (Hypomyces lactifluorum).
Crédit photo: Jonathan Cazabonne

Et là vous vous dites, pourquoi il parle de microorganismes pour désigner des champignons? Oui, généralement, un champignon est un ensemble de filaments microscopiques dans le sol ou de simples cellules, et de temps en temps, certains font un clin d’œil dans le visible en produisant une fructification. Cette dernière est l'appareil reproducteur du champignons. Les champignons peuplent l’entièreté du sol et sont les auxiliaires de vie des forêts. Les champignons font "les courses" pour les plantes en allant leur chercher de la nourriture dans le sol; les champignons sont "les éboueurs"" des forêts, ils balayent le sol de la matière morte qui tombe et finalement, les champignons sont même "les médecins" de la forêt en protégeant chimiquement et physiquement les plantes contre de potentiel pathogènes. Mais dans certaines régions et certaines forêts, comme ici, dans les forêts d’esker en Abitibi, on ne connait pratiquement rien sur les champignons microscopiques de ces sols et c’est eux qui font l’objet de mon projet de maitrise.

J’essaie de répondre à ces questions finalement très simples, qui sont là ? Pourquoi ils sont là et est-ce qu’ils sont différents des voisins ? On s’attend à ce que ce soient les caractéristiques du sous-sol de cette maison qu’est la forêt qui explique la présence des champignons qu’on y trouve. Comment savoir qui est là? Vous l’avez compris, via l’ADN. Comment savoir pourquoi ils sont là ? En caractérisant la physique et la chimie des sols sableux des eskers par rapport au sol voisin, les sols argileux. A quoi on s’attend ? Pour comprendre, imaginez le sol comme une épicerie. Le sol sableux des eskers sont comme une épicerie où il n’y aurait pas beaucoup de nourriture. Ce qui vont pouvoir survivre sont ceux qui seront les plus rapides à récupérer le peu de nourriture présent, premier arrivé premier servi. En somme, des champignons compétiteurs à croissance rapide. Pour l’argile, de la nourriture, il y en a en masse, alors pourquoi se presser? Il y a de la nourriture pour tout le monde, donc des champignons moins compétiteurs, à croissance plus lente.

Coupe totale d'un peuplement de pin gris sur les eskers d'Abitibi.
Crédit photo: Jonathan Cazabonne

Alors vous allez me dire, et alors? Pourquoi tu nous parles de tes champignons qu’on ne voit même pas? Imaginez que vous enleviez à une ville ses épiceries, ses éboueurs et ses médecins? Et qu’en plus, le thermostat de la ville fait des misères? Et bien c’est ce qu’il se passe avec les coupes intensives dans les forêts d’esker et les changements climatiques. Ces derniers ont des impacts considérables dans l’invisible et sont entrain de modifier des communautés d’organismes qu’on n’a même pas encore eu le temps découvrir. Il est donc crucial de vite accumuler des connaissances fondamentales sur les champignons des eskers, car comme on dit, proche des yeux, proche du cœur ; mieux les connaître c’est mieux protéger ces héros de nos forêts qui se cachent dans les sols et qui sont bien plus importants (fonctionnellement et structurellement) que les arbres qui se trouvent au-dessus, ainsi que les humains qui, impunément, les piétinent.

Voici le résumé officiel du projet:

Peuplement mature de pin gris sur les eskers d'Abitibi.
Crédit photo: Jonathan Cazabonne

Malgré leur implication dans le fonctionnement et la structure des forêts, les champignons du sol restent peu connus et investigués dans les écosystèmes forestiers nordiques. L’intensification de l’exploitation des forêts au Québec rend urgent l’amélioration de nos connaissances sur les communautés fongiques du sol, en particulier celles présentent dans les peuplements de pin gris sur les eskers. Ce projet vise à caractériser la diversité, la composition, la structure et la distribution spatiale des communautés fongiques dans le sol des eskers d’Abitibi. Nous supposons que ces communautés présentent des patrons horizontaux et verticaux distincts et expliqués par les différences de conditions physicochimiques du sol. Pour l’horizon de la litière, organique et minéral, la texture, l’acidité, la teneur en carbone et azote, ainsi qu’en nutriments seront mesurés à la fois pour les dépôts fluvioglaciaires des eskers et les dépôts glaciolacustres de la ceinture argileuse. Les communautés fongiques du sol seront caractérisées par des techniques de métabarcodage de l'ADN environnemental. Un inventaire forestier complet sera également réalisé afin de caractériser chaque site. Nous nous attendons à observer une plus faible diversité taxonomique et fonctionnelle dans les eskers aux vues de l’acidité et de la faible disponibilité en nutriments dans les sols sableux. On s’attend à trouver une plus grande abondance d’espèces acidophiles compétitrices à croissance mycéliale rapide, comme les ascomycètes. De plus, les différences d’assemblage des communautés seront plus marquées sur l’axe horizontal (esker versus argile) que sur l’axe vertical (entre horizons). Ce projet permettra pour la première fois de caractériser les communautés de champignons microscopiques dans les forêts d’eskers à l’aide des outils moléculaires. Ces connaissances fondamentales ont pour vocation d’être intégrées dans les objectifs de conservation de la diversité biologique de l’aménagement forestier écosystémique à l’échelle des eskers.

SUJETS DE RECHERCHE

Les recherches que je mène actuellement couvrent les trois grandes thématiques suivantes: la taxonomie intégrative, l'écologie des communautés d'organismes et la conservation biologique.

Je suis intimement convaincu que l'on ne peut pas étudier l'écologie et l'évolution des systèmes vivants sans savoir nommer ou comprendre la diversité biologique qui s'y trouve. Cette compréhension fondamentale de la diversité est indispensable afin de mettre en place des plans de protection et de conservation efficaces et réalistes. En effet, comme dit le célèbre dicton Comment voulez-vous protéger si vous ne savez même pas ce qu'il y a et de quoi il s'agit?.

Taxonomie intégrative:

Spécimens de Fungarium (index JCQC).
Crédit: Jonathan Cazabonne

La base fondamentale de mes travaux de recherche est donc l'étude et la compréhension de la diversité des champignons, en incluant toutes leurs singularités par rapport aux autres êtres vivants. Dans cet ensemble, je m'intéresse tout particulièrement à la taxonomie des champignons, c'est à dire la circonscription des espèces en considérant leurs caractéristiques morphologiques, physiologiques, écologiques... et moléculaires. Après avoir élucider en quoi telle ou telle espèce de champignon est différente d'une autre, je mets l'emphase sur leurs relations de parenté afin de faire ressortir des histoires et trajectoires évolutives au sein des groupes étudiés. L'intégration de ces différentes techniques qui allient à la fois le descriptif et l'analytique permettent d'avoir une idée de quels organismes sont présents dans l'écosystème ainsi que les processus de mise en place de cette diversité dans le temps et l'espace.

Ecologie des communautés d'organismes: L'étape suivante de mon travail est d'étudier les mécanismes et facteurs environnementaux (biotiques et abiotiques) qui influencent cette diversité en champignons ainsi que leurs interactions au sein des communautés. Ces investigations permettent d'avoir une idée qualitative et quantitative de pourquoi telles espèces et communautés sont présentes à tel endroit et à tel instant. Pour arriver à ces fins, je tire profit entre autre des nouvelles technologiques de séquençage à haut débit sur l'ADN des champignons microscopiques présents dans l'environnement.

Conservation biologique: C'est en combinant les connaissances sur la nature même de la diversité en champignons (Quelle est-t-elle? D'où vient-elle?) et comment cette dernière réagit à son environnement que l'on peut espérer atteindre des objectifs de conservation raisonnables. L'ensemble de mes recherches ont pour perspective commune d'accumuler des connaissances fondamentales sur la diversité et les communautés de champignons afin de mieux les intégrer et les prendre en compte dans les programmes de conservation et d'aménagement des écosystèmes. Je mets un point d'honneur à baser mes investigations à la fois à l'échelle des espèces et des communautés de champignons. Les enjeux de conservation de la diversité biologique vont bien au delà de l'unique conservation des espèces. A mon sens, la véritable emphase de la conservation se trouve au niveau de la protection et conservation des réseaux d'interactions dans lesquels les espèces sont impliquées.

Mais qu'en est-il de la situation de la diversité biologique et de sa protection pour les champignons?

Barplot montrant le nombre total d'espèces de champignons, plantes
et animaux ayant reçu une évaluation par l'IUCN.
Crédit: Jonathan Cazabonne

Les estimations les plus récentes et plausibles du nombre d'espèce globale de champignons vont de 2.2 à 3.8 millions, alors que seulement 146,000 espèces de champignons sont actuellement décrites. Si on se base sur ces estimations, on connaitrait donc qu'environ 6-10% de la diversité en champignons estimée. De plus, 625 espèces de champignons ont été évaluées via les critères IUCN., à l'heure actuelle. Si on part du principe qu'il existe effectivement 2.2 millions d'espèces de champignons, seulement 0.03% ont reçu une évaluation selon les critères des listes rouges IUCN. Ce chiffre s'avère ridiculement petit comparé aux plantes et aux animaux, et s'avère alarmant au vue de l'importance fonctionnelle et structurale des champignons dans la plupart des écosystèmes terrestres et aquatiques.

Dans cette perspective globale, je tente de contribuer à mon échelle à la reconnaissance de tous les champignons comme règne à part entier supportant la majorité des formes de vie sur Terre. De part leur omniprésence dans l'ensemble des écosystèmes et les rôles fondamentaux qu'ils jouent, les champignons sont une porte d'entrée, encore pas assez explorée, pour la conservation des écosystèmes dans leur globalité.

Implications pour l'aménagement durable des forêts

Critères de développement durable des forêts selon le Conseil canadien des ministres des forêts, en 1995. Crédit: Jonathan Cazabonne

La conservation de la diversité des êtres vivants est devenue l’un des objectifs les plus importants de l’aménagement durable des forêts. Grâce aux nouvelles techniques de détection de l’ADN des organismes dans l’environnement, on redécouvre les territoires forestiers sous un nouveau jour. Les forêts sont en réalité le théâtre de nombreuses et diverses interactions entre organismes qu’on ne peut percevoir à l’œil nu. L’essentiel du fonctionnement des forêts se passe dans l’invisible et est gouverné par les champignons. Ces derniers sont partout et jouent des rôles fondamentaux au sein des écosystèmes terrestres. Ce constat pose la question de leur intégration, encore inachevée, dans les plans de conservation et d’aménagement durable des écosystèmes forestiers.

En effet, les champignons se retrouvent au cœur des enjeux et critères de l’aménagement forestier durable et représentent un potentiel encore peu exploré pour maintenir l’intégrité des forêts dans l’espace et dans le temps. Ces organismes sont une porte d’entrée de choix afin de conserver la diversité biologique des forêts, puisque protéger tous les champignons induirait la protection de l’ensemble de l’écosystème. De futures recherches sont nécessaire afin d’identifier les écarts en composition, en dynamique et en fonctions liées aux champignons entre les forêts naturelles et aménagées.

Ignorer les champignons dans les politiques d’aménagement forestiers revient à ignorer les organismes qui sont à l’origine même de ces écosystèmes. Il serait dans ce cas justifié de remettre en question le caractère réellement "durable" d'un tel aménagement.

Mes autres intérêts connexes:

Nuage de mots caractérisant mes recherches et mes centres d'intérêts

En marge de mes activités principales de recherche, je m'intéresse également (i) à bâtir des liens entre les sciences et l'art et la littérature, (ii) aux relations et usages des champignons par l'espèce humaine (ethnomycologie), (iii) à l'influence des facteurs anthropiques (anthropocentrisme et anthropomorphisme) sur notre perception et considération des champignons, (iv) l'histoire des sciences (épistémologie) de l'évolution et (v) aux principes et enjeux fondamentaux de la taxonomie, de la nomenclature et de l'étude de la diversité biologique, comme par exemple les questions autour de l'éponymie, de la nomination des singletons et des espèces de champignons connues seulement via leur ADN ("dark" fungi), l'importance des checklists d'espèces et les sciences citoyennes.

Thallus mature de
Laboulbenia quarantena
De Kesel & Haelew.
Echelle: 450-500 µm de long.
Modifié de Haelewaters &
De Kesel (2020)

Depuis quelques années, ma curiosité a été suscité par un groupe de champignons qui se trouve être à la parfaite frontière entre tous mes centre d'intérêts et de recherche: les Laboulbeniales. Il s'agit de champignons ectoparasites obligatoires d'arthropodes, que ce soit pour leur dispersion ou en tant qu'épibiontes. Ils ne ressemblent en rien à l'image que l'on se fait des champignons, même ceux microscopiques. Ils ne sont pas filamenteux et sont plutôt formés d'un ensemble de cellules structurées en trois dimensions formant ce qu'on appelle un thallus. La première espèces de ce groupe a été décrite il y a deux siècles et plus de la moitié de ces espèces actuellement connues ont été décrites par une seule personne, Roland Thaxter. On connait 2,459 espèces (réparties en 145 genres) de Laboulbeniales, alors que l'on estime un nombre total d'espèces plus de 15 fois supérieur à ce qu'on connait déjà. Ce système hôte-parasite est un cas d'école de groupe de champignons méconnus où tout reste à faire. Cette association est aussi un modèle d'interaction de choix pour étudier des problématiques de taxonomie, d'écologie des communautés et de conservation biologique. De part leur association obligatoire avec les arthropodes et leur aspect microscopique, ils passent très souvent inaperçus aux yeux de ceux qui étudient les champignons, mais aussi aux yeux de ceux qui étudient les insectes...

Sur l'importance de la "bonne" communication en mycologie:

Représentation schématique de la transition du système de pensée actuel concernant les champignons vers un système de pensée pyramidal. Le système de pensée actuel se caractérise par un centre de gravité relationnel situé vers les intérêts associés aux systèmes politiques et économiques, ainsi qu'aux sociétés humaines. Le système pyramidal place la conniassance des champignons et la compréhension de leurs implications dans les écosystèmes comme base supportant les sociétés humaines et les systèmes politico-économiques. Au delà de la mycologie, cette transition est aussi valable pour notre vision et considération des écosystèmes naturels.

A l’heure actuelle, nous ne voyons pas les champignons tels qu’ils le sont réellement. Nous ne connaissons pas ce qu’est la véritable nature d’être un champignon. En effet, la vision que l’Homme et les sociétés humaines (notament occidentales) ont des champignons est biaisée, de facto, par nous-même. Inconsciemment, nous nous imposons des filtres. Or, comme leur nom l’indique, ils filtrent notre vision des champignons et nous empêche de les voir dans leur globalité et pour ceux qu'ils sont véritablement. La question fatidique se pose, comment protéger quelque chose qui nous ait caché? Sans le vouloir ni le savoir, les champignons se retrouvent malgré eux pris dans un jeu de cache-cache où l’Homme est à la fois la cause mais aussi l’une des pièces maitresses.

Les champignons nous sont cachés (entre autres) de part nos habitudes et traditions, nos sens, notre culture, notre sémantique, mais aussi de par la structure, la taille ou bien la biologie même de ces organismes. Un exemple frappant est notre vision des champignons générallement restreinte à une seule saison et un seul type d'écosystème (l'automne et les forêts), alors que les champignons sont là partout et en toute saison - conséquence d'habitudes et traditions souvent ancrées depuis le plus jeune âge.

Les principales causes de cette vision des champignons filtrées sont l'anthropocentrisme (c'est à dire voir les champignons sous l'unique perspective de l'Homme, ce dernier se plaçant comme élément central et universel de toutes les considérations et vérités) et l'anthropomorphisme (c'est à dire de reconnaitre ou d'attribuer des caractéristiques propres à l'Homme sur des entités vivantes ou inertes qui ne sont pas l'Homme). Cela a des conséquences sur la place des champignons dans les politiques environementales, l'économie, l'éducation et le quotidien, avec l'un des moteurs entretenant à la fois ces causes et ces conséquences: la communication et la sens que l'on donne aux mots que l'on communique (la sémantique). Il existe donc une réelle nécéssité d'inverser cette tendance. une inversion qui s'avère difficle puisque le shcampignons sont en dissonance avec les idées préconçues de notre sociétés (reproduction sexuée, "beauté", agriculture, et cetera). Ce changement de la vision que l'on a des champignons est cependant nécessaire afin de protéger tous les microbes et leurs habitats et il passe par une "bonne" communication, et infine, June "bonne" vulgarisation des champignons.

Les facteurs anthropiques ont leur place dans notre perception et nos considérations des champignons, car en partie ils nous définissent, mais ces derniers ne doivent toutefois pas être le principal et unique moteur du développement de la mycologie.

Je tente à mon échelle de contribuer à aller au-delà des préjugés et de notre vision anthropique de la mycologie, afin d'entrevoir ce que sont véritablement les champignons et les enjeux associés.

EXPERIENCES PROFESSIONNELLES

• Stage au Centre de Foresterie des Laurentides (CFL), à Québec. Séquençage Illumina du mycobiome de sols et barcoding de spécimens séchés de fungarium. Superviseurs: Christine Martineau, Marie-Josée Morency et Marie-Josée Bergeron (2022)
• Formation rédaction et communication scientifique (français et anglais) par l’institut GRAMMATA  en collaboration avec l’UQAT (2022)
• Formation Vulgarisation scientifique 101 : présentation théorique avec exercices pratiques, offert par Sophie Malavoy  de l'Association des communicateurs scientifiques du Québec (ACS) (2022)
• Médiateur scientifique au Muséum d'Histoire Naturelle de Toulouse, Equipe de médiation scientifique (2020 - 2021)
• Stage, projet “Inventaire des Macromycetes, Lichens, et Mycetozoa du jardin botanique Borderouge du Muséum d'Histoire Naturelle de Toulouse", Toulouse Métropole. Superviseurs: Olivier Puertas et Xavier Bossier (Jul. - Au. 2021)
• Stage, projet “Description of new species of the genus Cortinarius (Agaricales, Cortinariaceae) from New-Caledonia”, Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB), Université Paul Sabatier, Toulouse. Superviseurs et collaborateurs: Monique Gardes, Patricia Jargeat, Hervé Gryta, Guillaume Eyssartier, Fabian Carriconde, Marc Ducousso (Ju. - Jul. 2021)
• Leçons avancées et entraînements sur les différentes techniques d’observation microscopique en mycologie. Superviseur: Guillaume Eyssartier (Juin 2021)
• Stage, project “Including rare lineages in plant phylogenomic studies by using herbarium collections”, et “On the use of plastomes to understand the degeneration of ndh genes in the Lentibulariaceae family”. Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB), Université Paul Sabatier. Superviseurs: Guillaume Besnard et Pauline Raimondeau (Fe. - Av. 2021)
• Stage, entraînement avancé en taxonomie des plantes et identification in situ des Magnoliophyta, gestion des collections d’herbier, et review de littérature: “Plants with Medicinal Proprieties: A Review”. Superviseur: Fatiha El-Babili (Juin 2020)

AFFILIATIONS SCIENTIFIQUES

• LaboulTeam Rassemblement international de chercheurs travaillant sur les Laboulbeniales (2022 - présent)
• IRN Forêts froides Groupement de Recherche international Forêts froides (2022 - présent)
• CEF Centre d'Etude de la Forêts (2022 - présent)
• GREMA Groupe de Recherche en Ecologie de la MRC Abitibi, Amos, Canada (2022 - présent)
• EDB Laboratoire Evolution & Diversité Biologique, Toulouse, France (2019 - 2021)

FINANCEMENTS

• Bourse de mobilité du CEF. 600$ + 1600$ (2022)
• Fonds régional du Québec de la MRC Abitibi obtenue par Miguel Montoro Girona et Annie DesRochers pour une thèse de maîtrise. 32 000$ (2022 - 2024)

PRIX, NOMINATIONS & DISTINCTIONS

Prix

• Gagnant concours photos catégorie “Biodiversité”, colloque du GREMA, 1ère édition (2022)
• Meilleure présentation orale (100$), colloque du GREMA, 1ère édition (2022)
• Prix de recherche (150$), colloque du GREMA, 1ère edition (2022)
• Prix du jury - thèse de maîtrise (250$), concours local de ‘Ma thèse en 180 secondes’ organisé par l'ACFAS, en collaboration avec l’UQAT (2022)
• Lauréat concours photos catégorie “Flora et Funga”, journal naturaliste “La Pie Bavarde” en partenariat avec Biotope Editions (2022)
• International Earth Science Olympiad (IESO), Diplôme de la Préparation française pour les Olympiades Internationales de Géosciences, mention honorable (2017)

Nominations

• Second finaliste, concours photos organisé par l’association naturaliste DRYADES, thème “Scènes de vie” (2022)
• Seconde mention honorable pour le prix du meilleur poster, 23ème colloque de la Chair UQAT-UQAM en Aménagement Forestier Durable (AFD) (2021)
• Mention spéciale pour la photo 'A Lantern into the darkness', concours photos du 23ème Colloque de la Chair UQAT-UQAM en Aménagement Forestier Durable (AFD) (2021)
• Finaliste, concours photo organisé par le projet GBI (Gestion de la Biodiversité) de l’Université Paul Sabatier, thème “Arbre mort, source de vie". Photos exposées à la librairie de Rangueil du lundi 10 jusqu’au 15 Janvier (2021)

PUBLICATION

Publications scientifiques révisées par un comité scientifique (Code A1 selon les types de publication de la FWO)

1. Cazabonne J. 2023. The Use of Humans Senses in the Identification of Mushrooms III – taste.  Field Mycology, 24 (1): 29 – 31.
2. Cazabonne J. 2022. The Use of Humans Senses in the Identification of Mushrooms II - touch.  Field Mycology, 23 (4): 118 – 122.
3. Cazabonne J. & Ferrières M. 2022. Leucopaxillus tricolor (Agaricales,Tricholomataceae) : Une Première Récolte pour l’Aveyron.  Bulletin mycologique et botanique Dauphiné Savoie, 245: 41 – 54.
4. Cazabonne J., Bartrop L., Dierickx G., Gafforov Y., Hofmann T. A., Martin T. E., Piepenbring M., Rivas-Ferreiro M. & Haelewaters D. 2022. Molecular-based Diversity Studies and Field Surveys Are Not Mutually Exclusive: On The Importance of Integrated Methodologies in Mycological Research.  Frontiers in Fungal Biology, 3: 860777. http://dx.doi.org/10.3389/ffunb.2022.860777 
5. Cazabonne J., Cochard H., Gryta H. & Jargeat P. 2021. Une Nouvelle Récolte du Rare Mycena chlorinosma (Agaricales, Mycenaceae) en France.  Bulletin de la société mycologique de France, 137 (1-4): 85 – 99.
6. Cazabonne J. 2021. The Use of Humans Senses in the Identification of Mushrooms.  Field Mycology, 22 (4): 117 – 122. https://doi.org/10.1016/j.fldmyc.2021.10.005 
7. Cazabonne J., Ferrières M. & Menos J.L. 2021. A First Contribution to the Knowledge of Mycetozoa from Aveyron (France).  Carnets Natures, 8: 67 – 81.

Publications vulgarisées non révisées par un comité scientifique (Code A2 selon les types de publication de la FWO)

1. Cazabonne J. Printemps 2023. Que sont véritablement les champignons forestiers?. Couvert boréale, 19 (2): 13-14. 
2. Cazabonne J. Hiver 2023. Quel devenir pour les feuilles en hiver?. Couvert boréale, 19 (1): 15. 
3. Cazabonne J., Girona M. M. & DesRochers A. Printemps 2022. La diversité fongique cachée des forêts d ’esker d’Abitibi. Couvert Boréal, 18 (2): 12. 

Notes scientifiques révisées par un comité scientifique (Code C4 selon les types de publication de la FWO)

1. Cazabonne J., Hyde K. D. & Perera R. H. 2022. Note 676 Azygosporus, Outlineoffungi.org
2. Cazabonne J., Haelewaters D. & Hyde K. D. 2022. Note 572 Microconidiobolus – expanded note, Outlineoffungi.org
3. Cazabonne J., Haelewaters D. & Hyde K. D. 2022. Note 571 Luteochaete, Outlineoffungi.org

Données moléculaires générées et déposées dans un base de données publique (Code C4 selon les types de publication de la FWO)

1. Gardes M., Cazabonne J., Gryta H. and Jargeat P. Peziza aff. arvernensis voucher JCFR004 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence, GenBank: OP325294 
2. Cazabonne J. & Jargeat P. Pseudoclitocybe obbata voucher JCFR003 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence. Genbank: OL794681.1 
3. Cazabonne J. & Jargeat P. Mycena chlorinosma large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence, GenBank: OK239707.1 
4. Cazabonne J. & Jargeat P. Mycena chlorinosma voucher JCFR001_p1 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence, GenBank: OK239705.1 
5. Cazabonne J. & Jargeat P. Mycena chlorinosma voucher JCFR001_p2 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence, GenBank: OK239706.1 

Page de couverture de numéro de revues scientifiques révisées ou non par un comité scientifique (Code C4 selon les types de publication de la FWO)

1. Volume 12 (2022) – La Pie Bavarde.  Page de couverture du Volume 12 du journal naturaliste La Pie Bavarde, Marasmius bulliardii Quél. 1878. Crédit photo: Jonathan Cazabonne.
2. Volume 8 (2021) – Carnets Natures.  Page de couverture basée sur l'article original “A First Contribution to the knowledge of Mycetozoa from Aveyron (France)”  par Cazabonne et al. (2021). Trichia decipiens (Pers.) T. Macbr., 1889. Crédit photo: Gérard Leduc

CONFERENCES & CONGRES

Conférences [présentateur]

• Cazabonne J. Démystifier les champignons: au-delà de nos préjugés sur la mycologie. Conférence grand public, pour l’association naturaliste Dryades et Veracruz, donnée à l’Université Paul Sabatier (amphithéâtre Concorde, U4), Toulouse, France. 09/01/2022. Enregistrement vidéo ici. 

• Cazabonne J., Miguel Girona M. & DesRochers A. 2022. Soil fungal communities in Esker forests. Poster présentation, 15ème colloque annuel du Centre d’étude sur les Forêts (CEF). 28/08/2022.
• Cazabonne J., Miguel Girona M. & DesRochers A. 2022. Unravelling the Unique Fungal Diversity Hidden in Podzol from Abitibi Esker Forests. Poster presentation, North American Forest Ecology Workshop (NAFEW), 2022 edition, Gather Town, Wildlife/Biodiversity section. 20/06/2022 – 24/06/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.10206.92484
• Cazabonne J., Miguel Girona M. & DesRochers A. 2022. Vertical Niches Partitioning of Soil Fungal Communities in Esker Forests. Poster presentation, Canadian Botanical Association (CBA) annual conference, 2022 edition, Rouyn-Noranda (UQAT). 05/06/2022 – 09/06/2022.http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.24982.01604
• Cazabonne J., Miguel Girona M. & DesRochers A. 2022. Les champignons des forêts d’esker : sur l’origine de la distribution spatiale des communautés fongiques. Oral presentation, GREMA annual symposium, 1st edition. 31/05/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.16917.81120
• Cazabonne J.. 2022. Les champignons du sol des forêts d'eskers d'Abitibi : une diversité cachée, située sous nos pieds. Oral presentation, Compétition locale UQAT de Ma thèse en 180 secondes, Campus UQAT d’Amos. 18/03/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.36357.01768
• Cazabonne J., DesRochers A. & Montoro Girona M. Fungi of Esker Forests: A Canadian Mycological Journey. Oral presentation (hybride), DRYADES Conference Series, Toulouse (France). 09/02/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.30358.83529
• Cazabonne J. Describing Fungi: Morphological or Molecular Data, Which One to Choose? presentation (hybrid), GREMIDI Conference Series, UQAT Amos Campus (Quebec). 27/01/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.33973.14565/1
• Cazabonne J., DesRochers A. & Montoro Girona M. Unravelling for the First Time the Fungal Diversity of Northern Quebec Esker Forests. Oral presentation (Zoom), CanFunNet Seminar Series. 20/01/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.36738.61129
• Cazabonne J., Cochard H., Gryta H. & Jargeat P. Discovery of a Rare Fungal Species in the Nature Trail of Paul Sabatier University (Toulouse, France): Mycena chlorinosma Singer. Oral presentation (hybrid), 2nd edition of VERACRUZ Journal Club, Paul Sabatier University, Toulouse (France). 13/01/2022. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.21475.27684
• Cazabonne J., DesRochers A. & Girona Montoro M. Discovering the mysterious fungi of Esker Forests: a mycological madness? Poster presentation (Zoom), 23th Colloque of la Chair UQAT- UQAM en Aménagement Forestier Durable (AFD), Amos (Quebec). December 2021. http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.21843.91684. YouTube link.
• Cazabonne J. An introduction to scientific research: a world apart? Oral presentation (face-to-face), Atelier Série n°2 d’intervention au Lycée Saint-Gabriel, Saint-Affrique (France). 14/12/2021.http://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.33787.85285
• Cazabonne J. Conservation Biology: A New Fungal Perspective. Oral presentation, Natural History Museum of Toulouse. 2020.
• Cazabonne J., Damicis U, Rakhmanova G & Tetbirt K. The Selfish Gene: A Concept of Immortal Genetic Information. Oral presentation. 2020.

INTERVIEW, PODCAST & TOURNAGES

• Pose ta science#18 - Démystifier les champignons avec Jonathan Cazabonne- 25.01.2023. Podcast link.  (2022)
• Tournage avec les services audiovisuels de l’UQAT pour la promotion des formations en recherche scientifique, supervisé par Gabrielle Cornellier (Sept. 2022)

• Interview invitée pour le bulletin de septembre 2022 de l’Association Canadienne de Botanique (ABC) en tant que early carrier mycologist. Interview (Sept. 2022)
• Interview pour MediAT pendant la première édition du colloque annuel du GREMA sur mes recherches en maîtrise. Youtube (Juin 2022)

• Interview pour Actualités UQAM sur notre groupe de recherche à la frontière entre l’écologie forestière (UQAT) et la littérature (UQAM). Article (Juin 2022)
• Interview pour Actualités UQAT sur notre groupe de recherche à la frontière entre l’écologie forestière (UQAT) et la littérature (UQAM). Article (Juin 2022)
• Interview pour Radio-Canada pendant l’émission “Ça vaut le detour” avec Vanessa Limage sur notre groupe de recherche à la frontière entre l’écologie forestière (UQAT) et la littérature (UQAM). Interview (Mai 2022)
• Interview pour le journal local Le Saint-Affricain sur mes études académiques, mes projets mycologiques, et les difficultés rencontrées par les étudiants originaire de la campagne dans les grandes villes. Interview (Novemb. 2021)
• Interview pour FRANCE 3 Occitanie durant l’exposition annuelle de l’Association Mycologique de Toulouse (AMT) – Edition 2021. Mon intervention (Novemb. 2021)
• Interview pour FRANCE 3 Occitanie. “Cueillette des champignons: comment éviter le crime et l’intoxication ?”. Article (Octobre 2021)

SERVICES PROFESSIONNELS

Rôle de relecteur et d’éditeur

Phytotaxa  (1), Service UQAT Corrige-moi (1), Italian Botanist  (1), MycoKeys  (2), AMBIO  (1)

Services à des sociétés professionnelles et activités associatives

• Invité d'honneur/Auteur  au Salon du livre de l'Abitibi-Témiscamingue  par l'Association Forestière de l'Abitibi-Témiscamingue (AFAT)  au kiosque du Le Couvert Boréal  (2023)
• Encadrant terrain et animateur évènement Champignons en fêtes organisé par la municipalité de Saint-Mathieu d’Harricana (2022 et 2023)
• Exposant lors de l’événement Portes ouvertes sur notre forêt organisé par l'AFAT, exposition sur les champignons de la forêt boréale (2022)
• Bénévole colloque de l’Association Botanique Canadienne (2022)
• Bénévole tuteur AGEUQAT (2022)
• Comité organisateur colloque GREMA, 1ère édition (2022)
• Membre de l’Association Canadienne de Botanique (ABC), sections Mycologie et Systématique (2022 - présent)
• Membre représentant des étudiants de la maîtrise en écologie et aménagement des écosystèmes forestiers de l’UQAT à l'AGEUQAT et aux assemblées départementales de l'IRF (2022 - présent)
• Co-Manager des réseaux sociaux (Facebook, Instagram, Twitter, et LinkedIn) et du site internet du GREMA (2022)
• Co-dirigeant du comité vert du campus de l’UQAT à Amos, avec Samuel Robin (2022)
• Membre fondateur, Membre du Comité d’Administration (CA), Association Mycologique de Polynésie Française (MYCOPOL) (2022 - présent)
• Membre, Sous-comité Diversité, Équité et Inclusion (DEI), Société Mycologique d'Amérique (MSA) (2021 - 2022)
• Membre de la Société Mycologique d’Amérique (MSA) (2021 - présent)
• Membre fondateur, Membre d’honneur, DRYADES, Université Paul Sabatier (2021 - présent)
• Membre, Association mycologique de Toulouse (AMT), Faculté des Sciences Pharmaceutiques de Toulouse (2020 - 2022)

Autres

• Modérateur des sessions de conférences Lichen Biodiversity & Conservation II et A Fungal Perspective on Conservation and Citizen Science dans le cadre de la 4ème édition du symposium annuel CanFunNet.  (2023)
• Curateur de la liste des Laboulbeniales du Consortium for Fungi and fungus-like classification  (2022 - présent)
• Contribution à la transcription numérique des collections de champignons de Gordon William Beaton (Australia, DigiVol online expedition) (2020)

ACTIVITES D’ENSEIGNEMENTS ET DE SUPERVISION

Cours

• Assistant de cours (4h) en B.Sc Biologie des Organismes, Populations et Ecosystèmes (BOPE) à l’Université Paul Sabatier (UE ELSVC5JM Biodiversité des champignons): “Identification des macromycetes et initiation à la microscopie en mycologie”. Avec Monique Gardes et Hervé Gryta (2021)
• Assistant sortie terrain mycologique (18h) en B.Sc Biologie des Organismes, Populations et Écosystèmes (BOPE) à l’Université Paul Sabatier (UE ELSVC5JM Biodiversité des champignons). Organisé et mené par Monique Gardes, Hervé Gryta, Patricia Jargeat et Nathalie Sejalon-Delmas (2021)
• Assistant sortie terrain mycologique (8h) pour le diplôme d’Etat des docteurs en pharmacie (6ème année) à la faculté de pharmacie de Toulouse (UE11.3 Intoxications courantes, addictions et conseils à l’officine). Organisé et mené par Anne-Cécile Le Lamer et l’AMT (2021)
• Tutorat (10h) en Biologie évolutive et des organismes, Biologie cellulaire et moléculaire, Génétique et botanique/mycologie pour les étudiants en B.Sc Sciences de la Vie (Sciences biologiques – Géosciences) de l’Université Pauul Sabatier (2021)
• Tutorat et cours particuliers (20h) en Biologie, Mathématiques, Physique, Chimie, Géologie et Anglais pour les étudiants au collège et au lycée français de Saint-Affrique (12) (2017 - 2021)

MES RECOMMENDATIONS...

... de lecture

Voici une sélection non-exhaustive des lectures qui m'ont marquées. J'estime certaines de ces lectures comme des incontournables pour toute personne s'intéressant de près ou de loin aux domaines de l'écologie et de l'évolution. Vous y trouverez également quelques lectures personnelles (liste par ordre chronologique et alphabétique):

• The Hidden Kingdom of Fungi: Exploring the Microscopic World in Our Forests, Homes, and Bodies, par Keith Seifert (Greystone Books, 2022)
• A l'aube de la 6ème extinction: comment habiter la Terre, par Bruno David (Grasset, 2021)
• Entangled life: How Fungi Make Our Worlds, Change Our Minds & Shape Our Futures, par Merlin Sheldrake (Random House, 2021)
• L'origine du monde: Une histoire naturelle du sol à l'intention de ceux qui le piétinent, par Marc-André Selosse (Actes Sud, 2021).
• Encabanée, par Gabrielle Filteau-Chiba (XYZ, 2020)
• Jamais Seul, par Marc-André Selosse (Actes Sud, 2016). Chez la même maison d'édition et par le même auteur, en 2019, vous pouvez retrouver Les Goûts et les couleurs du monde: Une histoire naturelle des tannins, de l'écologie à la santé.
• L'Evolution, Questions d'Actualités?, par Guillaume Lecointre (Coédition Quaé – Muséum national d’Histoire naturelle, 2014)
• Guide Critique de l'Evolution, par Corinne Fortin, Gérard Guillot, Marie-Laure Le Louarn-Bonnet, Alain Bénéteau, et Thomas Haessig, sous la direction de Guillaume Lecointre (Editions Belin, 2009)
• Classification Phylogénétique du Vivant, par Guillaume Lecointre et Le Guyader Hervé (Belin, 2001). Je vous recommande particulièrement la quatrième édition du tome 1 (2016) et 2 (2017) qui intègrent des discussions autour des microorganismes et l'implication des outils moléculaires.
• The Blind Watchmaker - Why the Evidence of Evolution Reveals a Universe without Design, par Richard Dawkins (Norton & Company, Inc., 1986). Il existe une réédition parue en 2015.
• The Extended Phenotype: The Long Reach of the Gene, par Richard Dawkins (Oxford University Press, 1982). Une seconde édition a été publiée en 2016.
• The Selfish Genes, par Richard Dawkins (Oxford University Press, 1976). Une seconde, troisième et quatrième édition ont été publiée en 1989, 2006 et 2016, respectivement.
• Contributions to the Theory of Natural Selection. Une série d'essais par Alfred Russel Wallace. (London: Macmillan and Co., 1870)
• On the Origin of Species by Means of Natural Selection or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life, par Charles Darwin (John Murray, 1859)