Apprenez à réaliser une carte avec le très populaire logiciel open source et gratuit QGIS. Nous verrons en quoi consiste l'information géographique, où la trouver, comment résoudre les problèmes de projections et, surtout, comment construire une carte à insérer dans un article ou un rapport.

Learn how to make a map with the popular open source and free QGIS software. We'll see what is geographic information, where to find it, how to solve projection problems and, most importantly, how to build a map to insert in an article or report.

Animateur.trice

Pierre Racine ()
Professionnel de recherche, Centre d'étude de la forêt, Université Laval
Pierre Racine est professionnel de recherche pour le CEF à l'Université Laval depuis 2006. Il est expert de ArcGIS, QGIS et PostGIS et programme dans de nombreux langages depuis plus d'une trentaine d'années.

La valeur des programmes de conservation des espèces animales dépend de la fiabilité des estimations de la taille des populations de ces espèces. Pour estimer la taille des populations animales, on utilise fréquemment les méthodes de capture-marquage-recapture (CMR). Le modèle de base de Darroch (1958) et ses différentes extensions seront présentés lors de cet atelier. Nous prendrons également en compte le cas où plusieurs campagnes de marquage sont effectuées. Des expériences numériques avec R seront utilisées pour illustrer les différents résultats.

Animateur.trice

Zinsou Max Debaly ()
Post-doctorant, Centre d'étude de la forêt, UQAT
Zinsou Max Debaly détient un doctorat en statistiques mathématiques de l'École Nationale de la Statistique et de l'Analyse de l'Information (ENSAI, France) obtenu en 2022. Ses travaux portent sur la modélisation des séries temporelles multiples pouvant prendre des valeurs discrètes. Il est actuellement au postdoctorat en écologie quantitative à l'UQAT au sein du GREMA.

On associe souvent R aux analyses statistiques et à la manipulation de données, mais il est également possible d'utiliser R comme un SIG pour accomplir plusieurs tâches spatiales comme la manipulation de données vectorielles et matricielles, l'automatisation d'opérations spatiales ou la création de cartes. Dans cet atelier, nous utiliserons principalement les packages sf et terra pour démontrer et exploiter les capacités spatiales de R dans les tâches courantes en écologie forestière. Après cet atelier, vous serez notamment capable de créer une zone tampon autour d'un polygone, de changer la projection d'un shapefile, d'extraire des valeurs d'un raster à partir de polygones, de créer des cartes statiques ou interactives, etc.

Animateur.trice

François Rousseu ()
Professionnel de recherche, Centre d'étude de la forêt, Université de Sherbrooke
François est spécialisé en statistiques et en programmation R. À titre de professionnel de recherche pour le CEF, son rôle est d'aider les étudiants pour tout ce qui a trait à l'analyse de données. Il travaille également pour Biodiversité Québec en tant que modélisateur de la distribution des espèces.

Cet atelier offre un aperçu concis mais informatif de l'intelligence artificielle (IA) et de son application spécifique dans la recherche en sciences naturelles. Plutôt que de se concentrer sur les aspects théoriques de l'IA, nous explorerons comment cette technologie peut être intégrée de manière pratique dans la méthodologie de recherche.

Au cours de la session, nous examinerons une sélection des outils d'IA les plus pertinents pour la recherche en sciences naturelles, en mettant l'accent sur leur utilisation pratique et les avantages de quelques-uns d'entre eux. Nous aborderons des sujets tels que la recherche, la lecture et la rédaction d'articles, en montrant comment l'IA peut optimiser ces tâches courantes. Nous conclurons l'atelier par une discussion de groupe sur les considérations éthiques liées à l'utilisation de l'IA dans la recherche.

Aucune expérience préalable en IA n'est requise. Rejoignez-nous pour explorer l'IA dans le contexte de la recherche en sciences naturelles, avec des conseils pratiques et une réflexion sur les enjeux éthiques qui façonnent notre utilisation de cette technologie.

Animateur.trice

Marta Alonso Garcia ()
Professionnelle de recherche, Centre d'étude de la forêt, Université Laval
Spécialisée en biologie végétale et moléculaire, le doctorat de Marta Alonso Garcia a porté sur la systématique et la phylogénie des mousses. Au cours des six dernières années à l'Université Laval, ses recherches se sont concentrées sur la génomique des lichens, plus particulièrement sur leur structure populationnelle et leurs communautés microbiennes. Présentement, elle suis responsable de la coordination du pôle de l'Est du CEF, tout en poursuivant ses projets sur le microbiome des lichens. Consciente du potentiel de l'IA sur le déroulement d'un projet de recherche, elle souhaite partager ses connaissances sur le sujet avec d'autres personnes intéressées à intégrer l'IA dans leur recherche.

In this workshop, we will learn some basic principles and practice science writing. Please bring a short text (a title or abstract) that you would like to work on together.

Cet atelier portera sur la rédaction scientifique: nous couvrirons des principes de base et ferons de la pratique sur des textes apportés par les participants. L'atelier se déroulera en anglais pour travailler la rédaction dans cette langue.

Animateur.trice

Emma Despland ()
Professeure, Université Concordia et chercheure régulière, Centre d'étude de la forêt
Emma Despland is a professor at Concordia University who studies plant-insect interactions, insect outbreaks and insect biodiversity. She has taught a techniques in ecology course for over 10 years, which includes a strong science writing component. She is also interested in science writing for the general public. Some examples:

• Why the spongy moth outbreak has vanished in Québec 
• To attain global climate and biodiversity goals, we must reclaim nature in our cities 
• Ces fourmis que cache la forêt! 
• Remote conferences and flying less 
• Les insectes herbivores: Où se cachent-ils dans une forêt? 

Dans cet atelier, nous verrons comment récupérer les données des PEP du MRNF, la structure de la base de données et comment faire l'extraction à l'aide de requêtes SQL.

Cette formation se veut une introduction aux bases de données relationnelles. Aucun pré-requis n'est nécessaire, seulement la curiosité et le désir d'acquérir de nouvelles compétences.

In this workshop, we'll look at how to retrieve PEP data from the MFFP, the structure of the database and how to extract it using SQL queries.

This workshop is an introduction to relational databases. No prerequisites are necessary, just curiosity and a desire to acquire new skills. The workshop will be given in french.

Animateur.trice

Daniel Lesieur  ()
Professionnel de recherche, Centre d'étude de la forêt, UQAM
Daniel Lesieur est professionnel de recherche au CEF depuis ses débuts. Il est spécialisé dans la gestion des bases de données.

Nous allons aborder les défis liés à la conception d'une station automatisée autonome en explorant les méthodes d'élaboration et de maximisation de son enregistreur. Nous apprendrons également à élaborer un plan de branchement efficace et introduirons les bases de la programmation sur la plateforme Campbell Scientific.

• Sélection d'instrumentation et de consignateur/datalogger pour les besoins du projet
• Sonde : Type de signaux - Digital vs Analogique
• Alimentation du système et technique de gestions protection de la station
• Communication à distance : Revue des technologies et bonne pratique
• Configuration et Programmation Campbell Scientific CRBasic - Pratique de base

Animateur.trice

Marc-Andre Brady  ()
Consultant Technique Vente Québec, Campbell Scientific Canada
Depuis un peu plus de 6 ans, Marc-André Brady oeuvre pour Campbell Scientific Canada comme consultant technique. Cette carrière lui offre la chance de contribuer, avec des solutions fiables, à des projets de recherche dans plusieurs spécialités.
Avec plus de 10 ans d'expérence en conception de système de qualité contrôle dans un emploi précédent, il a acquis une capacité à développer des solutions durablesé Il est passionné par tous les défis qu'il reçoit pour la mise en place de stations de mesure automatisées.

Despite the extensive knowledge of ecological succession, quantitatively characterizing the dynamics of ecological systems continues to be a challenging task. The era of big data and the recent advances in quantitative ecology and data science offer a great opportunity to study ecological dynamic regimes from a new perspective. This workshop will introduce a novel methodological framework to identify, characterize, and compare ecological dynamic regimes from empirical data.

The workshop covers some important concepts of dynamical systems theory and how they can be implemented in empirical ecology using trajectory analyses. With hands-on guided examples, participants will learn to distinguish dynamic regimes from large datasets accounting for the objectives pursued, the characteristics of the data, and the assumptions of the applied analyses. Participants will also learn to define the representative trajectories of an ecological dynamic regime, quantify the variability of ecological trajectories forming a dynamic regime, and compute a dissimilarity metric to compare multiple dynamic regimes. Finally, the workshop will review the applications of ecological dynamic regimes to some relevant fields, such as ecological resilience and stability, or study the effects of different treatments or management strategies on ecological systems.

Prerequisites: Beginner/intermediate skills in R.

Malgré les connaissances sur la succession écologique, caractériser quantitativement la dynamique des systèmes écologiques reste un défi. L'ère du « big data » et les récents avancements en l'écologie quantitative et en science des donnés offrent une grande opportunité d'étudier les régimes dynamiques écologiques d'une nouvelle perspective. Cet atelier présentera un nouveau cadre méthodologique pour identifier, caractériser et comparer les régimes dynamiques écologiques à partir de données empiriques.
L'atelier couvre des concepts importants de la théorie des systèmes dynamiques et la façon dont ils peuvent être opérationnalisés dans l'écologie empirique en utilisant analyses de trajectoires. À l'aide d'exemples pratiques, les participants apprendront à distinguer les régimes dynamiques à partir de grands ensembles de données en tenant compte des objectifs poursuivis, des caractéristiques des données et des analyses appliquées. Les participants apprendront également à définir des trajectoires représentatives, à quantifier la variabilité des trajectoires qui forment un régime dynamique et à calculer une métrique de dissimilarité pour comparer plusieurs régimes dynamiques. Enfin, l'atelier examinera les applications des régimes dynamiques écologiques à certains domaines, tels que la résilience écologique et la stabilité, ou l'étude des effets de différents traitements ou stratégies de gestion sur les systèmes écologiques.
Prérequis : Compétences débutantes/intermédiaires en R.

Animateur.trice

Martina Sánchez-Pinillos ()
Postdoctorant, Centre d'étude de la forêt, UQAM
Dr. Martina Sánchez-Pinillos has 9 years of experience evaluating forest resilience and post-disturbance dynamics from large datasets. She is particularly interested in the effects of pulse, press, and compound disturbances on forests and the mechanisms leading disturbed communities to collapse. Her research is devoted to improving the tools and analyses to quantify and assess ecological resilience. She is the creator and maintainer of two R packages to analyze ecological dynamic regimes and quantify resilience from empirical data.

Nous aborderons les grandes lignes de la relation des Premières Nations, et plus particulièrement des Anicinapek, avec la forêt et ses habitants. Le tout sera suivi par une présentation des façons d'entrer en contact avec les gens issus des Premiers Peuples afin d'établir des partenariats tout en tenant compte de nos différences.

Animateur.trice

Roxanne Lauzon  ()
Conseillère - partenariat autochtone régional, Ville de Gatineau et Pôle d'enseignement supérieur de l'Outaouais
Apitipi8innik8e de la communauté de Pikogan. Un pied en territoire et un pied en milieu urbain, Roxanne Lauzon navigue, quotidiennement, son canot être ces deux réalités, ces deux mondes. En plus de son travail, elle est artisane traditionnelle travaillant le cuir, les perles, l'écorce et les os. Elle côtoie depuis de nombreuses années les aînés de sa nation mais aussi des nations voisines afin de mettre en pratique un style de vie le plus près possible de la nature. Son souhait le plus grand est la sauvegarde des langues autochtones entre autres au travers du rétablissement des noms de lieux ayant une origine linguistique autochtone et le développement d'une meilleure relation entre les gens et la forêt.

Forêt ouverte est une carte interactive qui vous permet de visualiser, d'interroger et de télécharger gratuitement des données pertinentes pour la recherche forestière : l'historique des perturbations naturelles et anthropiques, l'imagerie satellitaire, les données du LiDAR et bien plus!

Cet atelier a comme objectifs de faire connaître les fonctionnalités de Forêt ouverte et de faciliter leur intégration dans les pratiques de travail ou de recherche.

L'atelier sera un mélange de théorie et de pratique. Chaque participant ou participante aura une feuille de route à suivre. Vous devrez apporter votre propre portable avec le logiciel Google Chrome installé et vous devrez vous assurer d'être bien connectés à internet afin d'effectuer les exercices qui vous seront proposés.

Animateurs.trices

Anne Theodorescu  ()
Professionnelle de la division de la diffusion et du soutien à la clientèle, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts
Anne Theodorescu est ingénieure forestière, diplômée de l'Université Laval en 2014. Elle a entrepris sa carrière en foresterie urbaine et a par la suite travaillé en forêt privée pour un groupement forestier en Beauce. Depuis 2019, elle occupe le poste de professionnelle en transfert de connaissances pour la division de la diffusion et du soutien à la clientèle de la Direction des inventaires forestiers.

Victoria Chaguala  ()
Professionnelle de la division de la diffusion et du soutien à la clientèle, Ministère des Ressources naturelles et des Forêts
Victoria Chaguala est ingénieure forestière, diplômée de l'Université nationale de Colombie en 2005. Elle a obtenu une maîtrise en sciences forestières de l'Université Laval en 2014 et est membre de l'Ordre des ingénieurs forestiers du Québec depuis 2018. Elle a travaillé pendant 10 ans en Colombie en foresterie urbaine et, par la suite, au Québec en développement géomatique pour le secteur forestier. Actuellement, Victoria occupe le poste d'ingénieure forestière pour la Division de la diffusion et du soutien à la clientèle de la Direction des inventaires forestiers.

Nous visiterons la plantation IDENT-Outaouais à Notre-Dame de la Paix près de l'ISFORT. Les réseaux d'expérience IDENT et Treedivnet seront présentés pour mettre le site d'étude en contexte et bien comprendre certaines des questions de recherche étudiées sur ce site. Nous présenterons les différentes expériences en place au site IDENT-Outaouais et animerons une discussion sur les défis rencontrés depuis l'établissement des arbres en 2020. Nous finirons la visite avec une discussion sur le rôle des plantations d'arbres dans un contexte de changement climatique. Les participants seront de retour à Gatineau pour le diner.

Animateur.trice

Benoit Gendreau-Berthiaume  ()
Professionnel de recherche, Institut des Sciences de la Forêt tempérée (ISFORT), UQO, Centre d'étude de la forêt
Benoit Gendreau-Berthiaume est professionnel de recherche au CEF et pour le laboratoire du chercheur Christian Messier. Au CEF, il est responsable de la mobilisation des connaissances. Avec l'UQO et Christian Messier, il est responsable de la gestion d'une expérience de biodiversité IDENT en Outaouais, de la coordination du programme FONCER en foresterie urbaine (Ufor, https://ufor.uqo.ca/). Il est également responsable d'un petit projet de foresterie urbaine, en collaboration avec la municipalité de Ripon, qui a pour objectif d'augmenter la résilience de la forêt urbaine et périurbaine de cette communauté.

En écologie forestière, les modèles de régression sont essentiels pour analyser diverses données expérimentales et d'observation, y compris celles de parcelles imbriquées, de distributions spatiales et de dynamiques temporelles. Cependant, la validation correcte des modèles linéaires (généralisés), mixtes et additifs suscite souvent des doutes. Cet atelier pratique se concentrera sur l'identification et la correction des erreurs de spécification des modèles en utilisant le populaire paquet R DHARMa (Hartig, 2022). Nous aborderons : (1) le choix de la distribution pour la variable de réponse ; (2) l'identification des modèles avec des variables explicatives manquantes ; (3) les diagnostics de variance (surdispersion et sous-dispersion) ; (4) l'identification des patrons temporels et spatiaux (autocorrélation). Nous présenterons également une méthode de visualisation des résidus avec ggplot2 et discuterons des moyens de présenter les résultats de validation et de justifier les choix de modélisation pour la publication.

Regression models are one of the most widely used tools in forest ecology. They are frequently used to analyze many types of complex experimental and observational data, including nested plot designs, spatial distributions, and temporal dynamics. Despite their widespread use, proper validation of (generalized) linear, mixed, and additive models is a common source of doubt and confusion. In this hands-on workshop, we will focus on how to identify and correct different types of model misspecification. For this purpose, we will use the popular R package DHARMa (Hartig, 2022), which provides a convenient interface to a variety of residual diagnostics that are based on quantile residuals. After an introduction to the role of residuals in model validation, we will explore the following aspects of model validation: (1) choice of distribution for the response variable; (2) identification of patterns indicating missing explanatory variables; (3) variance diagnostics (over- and underdispersion); (4) identification of temporal and spatial patterns (autocorrelation). We will also present a workflow for visualizing residuals using the ggplot2 package. In addition, we will discuss how to present validation results and justify modeling choices for publication.

Animateurs.trices

Daniel Schonig ()
Candidat au doctorat, Centre d'étude de la forêt, Université du Québec à Montréal
Depuis plus de dix ans, Daniel Schoenig enseignent la programmation en R, surtout la modélisation statistique des données complexes, utilisant des modèles multi-niveaux, non-linéarires ou bayésiens. Présentement il est candidat au doctorat à l'UQAM (sous supervision de Christian Messier et Jérôme Dupras) et professionel de recherche en statistiques au CEF. Ses recherches sont axées sur le développement de méthodes d'inférence causale qui permettent d'attribuer des changements au niveau de la biodiversité et des services écosystémiques aux interventions de gestion et aux politiques environnementales.

Mégane Déziel ()
Candidate au doctorat, Centre d'étude de la forêt, UQAM
Mégane Déziel est candidate au doctorat en biologie à l'UQAM sous la direction d'Alain Paquette et de Dominique Gravel. Ses travaux de recherche intègrent l'écologie fonctionnelle des arbres, la biogéographie et la modélisation statistique dans le but de mieux comprendre les mécanismes responsables de la croissance et de la migration des arbres en contexte de changements globaux. Son approche vise à améliorer les prédictions de la répartition spatiale des processus et services écosystémiques assurés par les forêts actuelles et à futures.

Les femmes restent sous-représentées dans les carrières en sciences et notamment en sciences forestières. Quels obstacles rencontrent-elles au cours de leur parcours académique pouvant expliquer cette sous-représentation? Le documentaire « Picture a Scientist » (https://www.pictureascientist.com/) de 2020 présente les inégalités de genre en sciences. Il met en scène Nancy Hopkins, professeur de biologie au MIT, Raychelle Burks, chimiste, et Jane Willenbring, géoscientifique, et d'autres scientifiques. À l'aide de ce film, nous souhaitons initier une discussion autour des inégalités et des obstacles rencontrés par les femmes en sciences de la forêt. À travers plusieurs témoignages de chercheuses dont les animatrices de cet atelier, nous souhaitons aborder différents sujets comme le harcèlement, les biais inconscients envers les femmes, les situations pouvant être à risque pour la santé et la sécurité comme le travail sur le terrain. Nous souhaitons cet atelier inclusif et invitons tout le monde à participer au visionnage du film et à une discussion ouverte. Nous souhaitons également créer un espace sécuritaire pour les personnes souhaitant s'exprimer uniquement en présence de femmes. C'est pourquoi la discussion générale sera suivie par une discussion entre personnes ne s'identifiant pas comme homme.

Animateurs.trices

Morgane Urli ()
Professeure, UQAM et chercheure associée, Centre d'étude de la forêt
Chercheuse en écologie fonctionnelle, Morgane Urli s'intéresse aux impacts des changements globaux et de la sylviculture sur la survie et la croissance des arbres, sur la dynamique des peuplements et sur l'aire de répartition des espèces.
Après avoir soutenu son doctorat en 2013, elle a effectué plusieurs post-doctorats en écologie des communautés et en sylviculture de 2013 à 2018. Depuis 2018, elle s'intéresse à la vulnérabilité des forêts à la sécheresse en tant que professionnelle de recherche à l'Université Laval et à la Direction de la recherche forestière (MRNF), et aussi en tant que professeure à l'UQAM. Les valeurs de l'EDI lui tiennent particulièrement à coeur.

Alison Munson ()
Professeure, Université Laval et chercheure régulière, Centre d'étude de la forêt
Alison Munson est chercheuse en écologie fonctionnelle, officiellement à la retraite, mais encore active. Elle s'intéresse aux relations sol-plante et aux cycles biogéochimiques en forêt boréale et en forêt urbaine. Par exemple, elle étudie les traits des racines en relation avec les mécanismes de stabilisation du carbone du sol.
Elle a fait son PhD à l'Université de Toronto et un stage postdoctoral à l'Université Laval, avant d'être engagée comme professeure en écologie à la Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique. Elle est vice-présidente de LIEU (Laboratoire d'intégration de l'écologie urbaine), et attachée à la Chaire de recherche sur l'arbre urbain et son milieu.