Cours intensif en génétique des champignons


Date et lieu

11 au 15 juin 2012
Salle 1324, pavillon Gene-H.-Kruger, Université Laval
Voir l'horaire détaillé 

Description

Les champignons jouent des rôles clés dans la dynamique des écosystèmes forestiers à titre de décomposeurs, de symbiotes, d’endophytes ou de pathogènes. Ce nouveau cours thématique du Centre d’étude de la forêt (CEF) offre un panorama des développements récents dans l’étude de la génétique des champignons. Par le biais de conférences et d’ateliers, on y présentera les apports de la génomique, de la transcriptomique, de la métabolomique et de la biologie intégrative à la caractérisation du génome des champignons, à la compréhension des interactions entre les champignons et leur environnement, ainsi qu’à l’étude de la biodiversité fongique.

Présenté selon la formule École d’été, le cours inclura des conférences, des ateliers et des périodes de discussion pendant 5 jours consécutifs. Des spécialistes du Québec, de d’autres provinces canadiennes et de la France offriront la formation. Le cours est financé par le CEF-Laval, par le Conseil franco-québécois de coopération universitaire, ainsi que par le Fonds France Canada pour la Recherche. Le nombre de participants est limité à 20.

Objectifs

  • Connaître les traits biologiques et écologiques importants ou uniques chez les champignons.
  • Se familiariser avec les méthodes utilisées pour l’analyse du génome chez l’individu, les populations ou les assemblages d’espèces.
  • Se familiariser avec les méthodes utilisées pour l’analyse du transcriptome et du métabolome.
  • Évaluer l’état des connaissances acquises dans un domaine au choix de l’étudiant.

Clientèle visée

Étudiants de 2e et 3e cycles inscrits dans des programmes en biologie, environnement, microbiologie et sciences forestières dans les universités québécoises.

Inscription

Les étudiants intéressés doivent s’inscrire au cours gradué de l’Université Laval: FOR-7033 (3cr) Génétique des champignons. Pour les étudiants de l'Université Laval l'inscription est possible via Capsule  (NRC du cours: 55423).

Les étudiants des autres universités doivent s’inscrire via le système d’échange de crédits de la CRÉPUQ .

Formateurs

Les personnes suivantes ont confirmé leur participation au cours:

Nom Titre Institution
Kostas Aliferis Chercheur postdoctoral Département de phytologie, McGill University
Louis Bernier Professeur CEF et Département des sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Sylvain Brun  Maître de conférence Laboratoire Génétique et Epigénétique des Champignons, Institut de Génétique et Microbiologie, Université Paris Sud
Ken Dewar  Professeur Centre d’innovation Génome Québec et McGill University
Will E. Hintz  Professeur Centre for Forest Biology, University of Victoria
Mohamed Hijri  Professeur Institut de recherche en biologie végétale (IRBV), Université de Montréal
Suha Jabaji  Professeur Département de phytologie, McGill University
Christian Landry  Professeur Institut de biologie intégrative et des systèmes (IBIS), Université Laval
Fabienne Malagnac  Maître de conférence Laboratoire Génétique et Epigénétique des Champignons, Institut de Génétique et Microbiologie, Université Paris Sud
Yves Piché Professeur CEF et Département des sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Julien Ponchart Candidat au doctorat CEF et Département des sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Nicolas Rodrigue  Chercheur Centre de recherches de l'Est sur les céréales et les oléagineux, Agriculture et agroalimentaire Canada, Ottawa
Philippe Tanguay  Chercheur Centre de foresterie des Laurentides, Service canadien des forêts

Contenu du cours

Exposé Formateur Documents d'enseignement
1. Accueil et présentation générale du cours Louis Bernier
2. Biologie des mycètes avec emphase sur les champignons associés aux plantes (lectures) Yves Piché PDF 
3. De la génétique à la génomique chez les champignons filamenteux Louis Bernier PDF 
4. Saccharomyces cerevisiae, un modèle pour la biologie intégrative des eucaryotes (lectures) Christian Landry PDF 
5. Analyse des données de séquençage à haut débit pour l’étude du génome Ken Dewar
6. Génomique des interactions plante-pathogène (lectures) Philippe Tanguay
7. Génomique des champignons impliqués dans les symbioses endomycorhiziennes (lectures) Mohamed Hijri
8. Génomique de la dégradation du complexe lignocellulosique (lectures) Sylvain Brun PDF 
9. Éléments génétiques cytoplasmiques : ADNmt et mycovirus* Will Hintz PDF 
10. Épigénétique et régulation de la physiologie fongique (lectures) Fabienne Malagnac PDF 
11. Métabolomique: principes et applications à l’étude des champignons phytopathogènes* (lectures) Suha Jabaji & Kostas Aliferis
12. Études phylogénétiques chez les champignons et les oomycètes (lectures) Nicolas Rodrigue PDF 
13. Études de la biodiversité fongique à l’aide de techniques de pyroséquençage (lectures) Julien Ponchart PDF 

*présentations en anglais

Formule pédagogique

Le cours se donnera de façon intensive, selon la formule École d’été.

Les activités pédagogiques prévues sont de trois types:

  1. La lecture d'articles scientifiques avant le début de l’École d’été. Les textes recommandés par les formateurs seront fournis aux participants dans les semaines précédant le cours.
  2. La participation à des cours et ateliers dans la semaine du 11 au 15 juin.
  3. La remise d’un travail écrit permettra à l’étudiant de présenter une synthèse de l’état des recherches sur un sujet pertinent. Dans le cas des étudiants à la maîtrise, le travail consistera en une synthèse écrite d’au moins 8 pages (plus une bibliographie) sur l’un des sujets abordés pendant le cours. Les étudiants au doctorat, quant à eux, prépareront une demande de subvention (selon le modèle du CRSNG) sur un sujet de leur choix (à faire valider au préalable par le professeur responsable).

Évaluation sommative

  1. Une évaluation du degré de participation de chaque personne contribuera à 30% de la note finale.
  2. Le travail écrit contribuera à 70 % de la note finale et devra avoir été remis au plus tard le 17 août 2012.

Lectures obligatoires


Lectures suggérées par Sylvain Brun:

Lectures suggérées par Mohamed Hijri:

Lectures suggérées par Suha Jabaji & Kostas Aliferis:

Lectures suggérées par Christian Landry:

Lectures suggérées par Fabienne Malagnac:

Lectures suggérées par Yves Piché:

Lectures suggérées par Julien Ponchart:

Lectures suggérées par Nicolas Rodrigue:

Lectures suggérées par Philippe Tanguay:

Photos du cours 2012

champignons2012_01.jpg: 800x531, 35k (03/07/2012 à 11h40 Heure de l'Est (GMT-5)) champignons2012_02.jpg: 500x753, 72k (03/07/2012 à 14h24 Heure de l'Est (GMT-5)) champignons2012_03.jpg: 800x531, 61k (03/07/2012 à 14h24 Heure de l'Est (GMT-5)) champignons2012_04.jpg: 800x531, 55k (03/07/2012 à 14h24 Heure de l'Est (GMT-5)) champignons2012_05.jpg: 800x531, 57k (03/07/2012 à 14h24 Heure de l'Est (GMT-5))

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********************************************************** ************* Écoles d'été et formation **************************** **********************************************************

Écoles d'été et formations

Cours intensif sur l'analyse des pistes 
6-10 mai 2019, Université de Sherbrooke
Cours intensif : Taxonomie et méthodes d’échantillonnage en tourbières 
6-17 mai 2019, Université Laval
Dendrochronological Fieldweek 2019 
16-21 mai 2019, Station FERLD
Traits Fonctionnels des Organismes - École thématique internationale
19-24 mai 2019, Porquerolles, France
Cours aux cycles supérieurs: Terrain avancé en géographie 
10-15 juin 2019, FERLD, Abitibi-Témiscamingue
École d'été « Drones et télédétection environnementale » 
13-14 juin 2019, Sherbrooke
Ecole d'été en Biologie et Ecologie intégratives 
6-12 juillet 2019, Pyrénées françaises
École d'été en modélisation de la biodiversité 
19-23 août 2019, Orford
Cours aux cycles supérieurs: Aménagement des écosystèmes forestiers 
19-30 août 2019, Station FERLD

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********************************************************** ***************** Pub - Budworm ****************** **********************************************************

********************************************************** ***************** Pub - Colibri **************************** **********************************************************

********************************************************** ********** Pub 6 - Au coeur de l'arbre *********** **********************************************************

...Une exposition
virtuelle sur l'arbre!

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CEF-Référence
La référence vedette !

Jérémie Alluard (2016) Les statistiques au moments de la rédaction 

  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.

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