From CEF

Reference: Logiciels

Vous avez des logiciels à suggérer pour cette section? Écrivez à votre professionnel de recherche préféré!

CEF-Référence - Logiciels

Inventaire des logiciels et des sites webs ressources qui y sont associés, recommandés par les chercheurs et professionels du CEF.

Accueil de CEF-Référence | Livres | Articles | Autres ressources web


Génomique

Gestion de base de données
Access - Autres

Information spatiale
Systèmes d'information géographique - Autres

Outils de correction de la langue française

Statistique
Statistique générale - Modèles incorporant la probabilité de détection - Analyses multivariées

Outils Web

Génomique

Sequencher  - Sequencher 4.7 (2004) est un logiciel d'analyse de séquence d'ADN très complet pour MAC et Windows. Malgré son prix élevé (environ 2500$), Sequencher est puissant et facile à utiliser. Il offre plusieurs options d'édition ainsi que la possibilité d'importer de nombreuses séquences de référence de Genbank . (AG)


Gestion de base de données

Access

Microsoft Access  - De loin le système de gestion de base de données le plus utilisé dans le monde.

Points forts:

Points faibles:

Ressources Access sur le web

Autres

MySQL  - Un incontournable pour les gens désirant développer des bases de données à l'aide d'un logiciel OpenSource. Toute la documentation ainsi que les produits téléchargeables se retrouvent sur le site. (DL)


Information spatiale

Systèmes d'information géographique

ArcGIS  - ArcGIS 9.3 est la nouvelle génération (Après Arc/INFO et ArcView) du système d'information géographique de ESRI. De loin l'un des package GIS les plus complet sur le marché, ArcGIS a su s'imposer dans les universités et les services gouvernementaux. C'est le logiciel de SIG le plus utilisé dans le monde après MapInfo. ArcGIS vient avec un module de gestion de fichier (ArcCatalog), un module d'édition de carte (ArcMap), un module de geoprocessing (ArcToolBox), un module de visualisation 3D (ArcScene) et un viewer gratuit (ArcReader).

Ses points forts sont:

Ses points faibles sont:

Pour les étudiants de l'UQAM, l'université possède une license institutionnelle pour la suite ArcGIS. Pour que le programme fonctionne, l'ordinateur (portable ou de bureau) doit être connecté au réseau de l'UQAM. Pour obtenir une license, contactez Luc Lauzon ou Mélanie Desrochers.


Ressources ArcGIS sur le web

ArcView  - ArcView 3.2 (1999) et 3.3 (2002) est la version grand marché (environ 2000$) de ArcInfo qui se compare à MapInfo . Bien qu'aujourd'hui dépassé (pas de reprojection on the fly, interface primitive, etc...), il est encore beaucoup utilisé. De nombreuses programmes très utiles ont été développées pour ArcView avec le language Avenue. Comme ArcGIS ne supporte plus Avenue, ces programmes n'ont pas nécessairement d'équivalent dans ce dernier.

ArcView est aussi le nom de la license ArcGIS de base qui vaut à peu près le même prix. Cette version ne supporte pas Avenue.


Ressources ArcView sur le web

Autres

DNR Garmin  - Ce petit programme permet de télécharger vos points GPS Garmin vers un shapefile (ArcGIS) ou de uploader des points vers le GPS. Guide d'utilisation DNR Garmin  voir chapitre 9: Transfert de données (MD)

Tableau comparatif des fonctions Geoprocessing  - Ce tableau permet de comparer les fonctions d'ArcGIS 9 de Overlay et Extract, dont Intersect, Union, SymDiff, Clip, Erase, Identity et Update. (MD)

Logiciel pour conversion entre coordonnées géographiques (lat/long) et UTM  - Voici un outil développé par Ressources naturelles Canada (à télécharger ou à utiliser en ligne) qui permet de convertir des coordonnées UTM en coordonnées géographiques (degrés, minutes, secondes ou degrés décimaux) et vice-versa. L'application à télécharger est un peu rébarbative (interface DOS), mais une fois qu'on la connaît un peu, elle fait bien son travail. (Commentaire transmis par L.-D. Aubin-Fournier à MM)

Petit guide de démarrage sur ArcGIS  ce guide se veut une aide sur les fonctions les plus utilisées en écologie et les plus élémentaires lorsqu'on débute en cartographie numérique. N'hésitez pas à communiquer avec Sophie Brugerolle pour y demander des ajouts. SB

!!!Modélisation ----

Outils de correction de la langue française

Antidote RX  - Antidote RX (2006), de la firme québecoise Druide informatique, est une mise à jour (69$) de la série Antidote. Ce populaire logiciel de correction de la langue française prend de plus en plus de place sur le marché et ruine la concurrence. À ma connaissance, comme aide textuelle, je ne connais pas meilleur logiciel. Pour un mot en particulier, consultez la liste des synonymes ou antonymes, des locutions, des analogies, des anagrammes ou des mots de même famille. Découvrez ses citations, sa conjugaison complète ou encore l'univers inédit de ses cooccurrences, et appréciez l'interaction intelligente entre tous ces ouvrages. Avec sa richesse incomparable, son interface intuitive et sa vitesse foudroyante, Antidote repousse les limites des dictionnaires du français. Sur Mac, Antidote RX s'installe aussi bien sur les systèmes PowerPC qu'Intel, et sous Windows sur processeurs 64 bits. Attention, Antidote n'est pas à toute épreuve, il faut quand même posséder une base en français. Ne vous attendez pas à ce qu'il réécrive votre texte, mais plutôt à ce qu'il vous fournisse tous les outils pour le rédiger. (AG)


Ressources Antidote sur le web

Termium est maintenant gratuit!  - Vous l'aurez deviné, Termium sert à traduire des termes (anglais, français, espagnol), mais l'avantage est que Termium vous donne la source, le domaine où le terme est utilisé et indique si le terme est correct... il y a donc beaucoup plus de termes spécialisés (en sylviculture entre autres) que dans un dictionnaire. Un example : tapez "partial harvest" dans Google et vous vous retrouvez avec "moisson partielle" comme traduction! Tandis que Termium traduit correctement par "coupe partielle" et vous dit que le terme est utilisé dans les domaines "exploitation forestière" et "sylviculture" (Merci à Maryse Marchand pour la nouvelle!)

Statistique

Statistique générale
R  - Ce puissant logiciel a été développé par une équipe de programmeur et statisticiens bénévoles. Il est téléchargeable gratuitement sur le site du projet R  où on peut y trouver plusieurs ressources.

Quelques points forts:

Quelques points faibles:


Ressources R sur le web

SAS/STAT  - Ce puissant logiciel est le fruit du SAS Institute . Le produit SAS/STAT se dévoue à l'analyse statistique, bien que plusieurs autres composantes soient disponible dans la gestion des données.

Quelques points forts:

Quelques points faibles:

(Note: plusieurs universités paient pour une licence annuelle qui leur permet d'offrir SAS gratuitement à leur personnel chercheur et étudiant)


Ressources SAS sur le web

JMP  - Ce logiciel est aussi produit par le SAS Institute  mais, il est beaucoup plus facile à utiliser que le module SAS/STAT et est abordable pour un utilisateur non-corporatif. JMP est plus ou moins le pendant de SAS avec interface graphique et menus déroulants. L'utilisateur n'a pas à apprendre de language de programmation. Il permet d'effectuer des analyses de toutes sortes, très simples ou, grâce à de nombreuses options, des très spécialisées. Il est aussi très développé pour la présentation des résultats et l'exportation de ceux-ci en formats récupérables par d'autres logiciels d'édition graphique.

JMP est construit de manière à aider les utilisateurs dans le choix des méthodes statistiques appropriées pour leurs données. Ceci est un avantage rarement offert par un logiciel d'analyse statistique, mais peut aussi s'avérer un couteau à deux tranchants si l'utilisateur n'est pas familier avec les méthodes proposées ou n'a pas accès à du soutien statistique. JMP Genomics  est un module spécialisé en analyses génomiques.


Ressources JMP sur le web

SPSS  - Avec ce logiciel développé originalement par SPSS Inc.  pour les sciences sociales, l'utilisateur peut effectuer plusieurs analyses conventionnelles à l'aide des menus et sous-menus Windows.

Quelques points forts:

Quelques points faibles:


Ressources SPSS sur le web

Modèles incorporant la probabilité de détection

DISTANCE  - Ce logiciel permet d'estimer la probabilité de détection et l'abondance d'animaux à partir de données récoltées sous un design d'échantillonnage de distance (distance sampling). Il est disponible gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

À noter qu'un type d'analyse spécifique (mark recapture distance sampling) nécessite l'installation du logiciel R, car cette analyse s'effectue à l'aide d'une bibliothèque de R et les résultats sont ensuite importés dans DISTANCE.

MARK  - Ce logiciel polyvalent a été développé spécifiquement pour une multitude d'analyses incorporant la probabilité de détection pour des populations ouvertes ou fermées. On peut télécharger gratuitement la plus récente version sur le site. On peut également y consulter plusieurs documents techniques de capture-marquage-recapture.

Quelques points forts:

Quelques points faibles:



Ressources MARK sur le web

PRESENCE  - Ce petit logiciel a été développé spécifiquement pour les analyses d'occupation de site à une ou plusieurs saisons. Il est disponible gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

Quelques points faibles:

SURVIV  - Ce puissant logiciel, extrêmement polyvalent et précurseur de MARK, est encore utilisé aujourd'hui dans une multitude d'analyses de capture-marquage-recapture. On peut le télécharger gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

Quelques points faibles:

Autres sites où se procurer des logiciels incorporant la probabilité de détection

Analyses multivariées
Canoco  - CANOCO (pour CANOnical Community Ordination) est un logiciel spécialisé en analyses exploratoires multivariées telles que les analyses de correspondances (simples, partielles, detendancées, canoniques), les analyses en composantes principales et les analyses de redondances. Il vient avec un module appelé Canodraw qui prend en charge la présentation visuelle des résultats (ordinations).

Les utilisateurs intéressés devraient prendre note que les versions antérieures à la version 4.5 ne sont pas très flexibles avec l'importation de données d'autres logiciels et la présentation visuelle avec Canodraw est très limitée.

ADE-4  est un logiciel développé au laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive de l'Université Lyon. Il contient des fonctions d'Analyses de Données destinées d'abord à la manipulation des données Écologiques et Environnementales avec des procédures Exploratoires Euclidienne, d'où la dénomination ade4.

Depuis 2004, ce gratuiciel (ade-4) est disponible sous R, pour les systemes Mac, Windows, Linux et Unix. L'ancienne version du logiciel (ADE-4 est une installation non-R pour Windows et Mac) est aussi disponible ici  mais il n'est plus maintenue depuis 2004. (BP)

Marti Jane Anderson  a créé un ensemble de gratuiciels pour les statistiques multivariées fonctionnants sur Windows et Mac. Chaque programme permet d'effectuer des tests de permutation -- pour l'analyse canonique des coordonnées principales (programme CAP, qui fait aussi des correlations canoniques et des analyses de fonctions discriminantes canoniques ou Canonical Discriminant Function Analyses), pour MANOVA (programmes PERMANOVA et DISTLM), MANCOVA (programme DISTLM), et des regressions multiples multivariées (DISTLM et DISTLM_forward, le dernier étant pour les régressions "stepwise"). XMATRIX vous permet de construire la matrice de design pour l'ensemble des ANOVA ou des modèles de regression, en plus des matrices pour des tests spécifiques d'effet principal, d'interactions et de contrastes -- Je préfère toutefois les créer moi-même en texte dans EXCEL.

Lorsque vous calculez des indices de similarité dans des échantillons, vous pouvez soit choisir parmi un large éventail d'indices ou utiliser les distances euclidiennes. Les programmes sont idéalement utilisés avec des jeux de données qui contiennent plusieurs variables mais avec peu de rangées (Marti a aussi inclus le programme PCO, un programme basé sur les permutations et qui permet d'obtenir une solution en coordonnées principales) et pour les jeux de données qui ont peu de chance de se conformer à la supposition de normalité multivariée ou univariée et d'homogénéité de la variance parmi les traitements. En rapport avec la dernière supposition, elle a aussi écrit deux programmes pour évaluer l'homoscédasticité multivariée (PERMDISP et PERMDISP2 - extensions multivariées du test de Levene). (BP)

Les logiciels de Pierre Legendre  - Gratuiciels en DOS (et Windows 95) et pour le Mac. (BP)
Blossom  – Gratuiciels pour effectuer des régressions quantiles avec tests de permutation. Produit par Brian Cade et Jon Richards, du US Geological Survey, Fort Collins, Colorado. Il y a un ensemble d'autres logiciels qui sont produits par le USGS sur ce site. (BP)

EQS (structural equations modelling) http://www.mvsoft.com/  (BS)

PC-ORD  sur Windows: Logiciel pour l’analyses multivariées des données ecologiques, par Bruce McCune. Disponible à MjM Software . (BP)

Outils Web

FileZilla  - Du même groupe qui vous a donné Mozilla  Firefox et Thunderbird, voici une application libre ET gratuite de gestion et téléchargement FTP . FileZilla parle français et plusieurs autres langues, possède un gestionnaire de sites FTP génial dans lequel on peut conserver en mémoire tous les sites auxquels on a accès ainsi que leurs configurations particulières. L'outil idéal pour partager sans ennuis vos fichiers importants sur le serveur du CEF. (AP)
Retrieved from http://www.cef-cfr.ca/index.php?n=Reference.Logiciels
Page last modified on February 22, 2018, at 01:34 PM