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CEF-Référence - Livres

Inventaire des livres recommandés par les chercheurs et professionnels du CEF.

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Écologie

Guides d'identification

Publications gouvernementales  Les oiseaux du Québec et de l'est de l'Amérique du Nord - Guide Peterson
par Roger Tory Peterson, 2004, Broquet

  • Ce guide d'identification est parfait pour les débutants en ornithologie, ses flèches indiquant les traits caractéristiques de chaque espèce permettent une identification rapide et aisée. Des cartes de répartition remises à jour permettent de connaître l'étendue de l'espèce, ses aires de nidification ainsi que ses aires d'hivernage. À mettre entre les mains de tous les débutants aussi bien qu'entre celles des ornithologues de terrain. (SB)


Ornithologie

Wikipedia Book Source  Atlas des oiseaux nicheurs du Québec
par Jean Gauthier et Yves Aubry, 1995, Montréal : L'Association québécoise des groupes d'ornithologues

  • Cet ouvrage est le fruit de milliers d'observations sur le terrain, il regroupe plus de 5000 références. Il vous donne des informations précises sur les biologie et l'écologie des espèces qu'on trouve au Québec. (SB)


Mycologie

Amazon 
ULaval 
Mycorrhizal symbiosis
par S.E. Smith et D.J. Read, 1997, 2ième édition, Academic Press, New York, NY

  • Cet ouvrage donne un compte rendu exhaustif des différents types mycorhiziens, de leurs structures, leur développement, leur physiologie et leur écologie. Il couvre le transport des nutriments, le rôle des mycorhizes en écologie et leurs applications en environnement et leurs intéractions avec les polluants. On y aborde également l'aspect évolutif des champignons mycorhiziens. Ce livre est l'un des plus cité dans le domaine et se doit d'être consulté par ceux qui s'intéressent aux mycorhizes. (AG)


Foresterie

par l'Ordre des ingénieurs forestiers du Québec, 2003. (52,50 $)

  • C'est dans le cadre du XIIe Congrès forestier mondial, tenu à Québec en septembre 2003, qu'était lancée la nouvelle édition spéciale trilingue du Dictionnaire de la foresterie. Un ouvrage unique regroupant les définitions en français et en anglais de quelque 6 400 termes, parmi lesquels 1 200 termes également définis en espagnol, touchant la foresterie dans son sens le plus large. (MD)


Conservation
Major conservation biology textbook now free online 
A highly regarded conservation textbook is now available online for free. Conservation Biology for All, a book edited by Navjot S. Sodhi of the National University of Singapore and Paul R. Ehrlich of Stanford University, has been posted on mongabay.com, an environmental science and conservation news site, as a free download. Conservation Biology for All can be accessed here . The authors, together with the publisher, Oxford University Press, expect open access to greatly increase the reach of the book, which was published last year. (MD)



Gestion de base de données

Access

Les meilleures astuces, en couleurs, pour Microsoft® Access 2003
par Hervé Inisan, 2005, Micro Application, 148 pages, ISBN:2-7429-6373-1

  • Cet ouvrage offre de nombreuses astuces, plus futées les unes que les autres, pour aller plus loin dans l’utilisation de Microsoft® Access 2003. Après avoir fait le tour des trucs pour la planification et l’organisation, l’ouvrage délivre les astuces pour structurer et utiliser les tables, concevoir des requêtes et des formulaires, calculer et automatiser des états, réaliser ses premiers pas en programmation, travailler en groupe… Un ouvrage à ne pas rater pour aller plus loin dans l’utilisation de Microsoft® Access 2003. (DL)


EndNote

Le manuel d'EndNote 

  • Voici le manuel d'utilisation d'EndNote, toutes vos questions concernant le formatage et l'utilisation d'EndNote trouveront leurs réponses dans cet énorme manuel de plus de 550 pages ! Vous y trouverez aussi quelques subtilités vous permettant d'éviter des heures de corrections ! (SB)

Information spatiale

Général

Wikipedia Book Source 
Amazon 
ULaval 
Geographic Information Systems and Science
par Paul A. Longley, Michael F. Goodchild, David J. Maguire, David W. Rhind, 2005, Wiley, 536 pages

  • Définitivement un des meilleurs livres sur le sujet. Une vision très générale sur ce qu'est l'information géographique et pourquoi elle est importante. Ce livre explique les fondements du concept de sciences de l'information géographique (GIScience) développé par Goodchild. S'il y a un livre à lire pour saisir les multiples facettes que peut prendre l'information géographique et pour comprendre les techniques et les concepts qui lui sont reliés, c'est celui-ci. Il ne vous apprendra pas comment utiliser un SIG, mais il vous dressera plutôt un portrait général et assez complet des concepts sous-jacents à leur utilisation. (PR)


ArcGIS

Wikipedia Book Source 
Amazon 
ULaval 
Getting to Know ArcGIS Desktop: The Basics of ArcView, ArcEditor, and ArcInfo Updated for ArcGIS 9
par Robert Burke, Eileen Napoleon, Tim Ormsby, 2005, Esri Press, 588 pages

  • L'un des meilleurs livres pour commencer avec ArcGIS. Évidemment la meilleure documentation sur ArcGIS est celle qui accompagne le logiciel, mais ce livre offre un autre point de vue et est très bien construit. C'est un excellent complément pour ceux qui ont de la difficulté avec l'aide d'ArcGIS ou qui préfèrent une documentation papier. Prenez soins de vous procurer l'édition la plus récente. (PR)


R

Applied Spatial Data Analysis with R
par Roger S. Bivand, Edzer J. Pebesma and Virgilio Gómez-Rubio, 2008, Springer.


Modélisation

Modèles matriciels de populations

ULaval  Matrix Population Models: Construction, Analysis, and Interpretation
par H. Caswell, 2001, 2ième édition, Sinauer Associates, Sunderland, MA

  • Cet ouvrage couvre un assez large éventail de modèles matriciels utiles dans les études de population en écologie et en biologie de la conservation. Il faut souligner que ce livre requiert un certain niveau d'aptitudes pour les mathématiques. Néanmoins, il demeure un outil à recommander pour les écologistes des populations qui désirent appliquer les paramètres qu'ils ont estimés afin de faire des projections quant à la persistence des populations. (MM)


!!!!!Modèles de populations spatialement explicites (Spatially explicit population models)

Général

Amazon  Simulating Ecological and Evolutionary Systems in C
par Will Wilson, 2000, Cambridge University Press, New York, NY, 301 pages

  • Cet ouvrage présente de nombreux modèles classiques de dynamique de population (logistique, Lotka-Volterra, Lotka-Volterra dans l’espace, reaction-diffusion, etc.). L’avantage de ce livre est que pour chaque modèle le code en langage C est inclus et chaque ligne de code est expliquée en détails. Les changements de dynamique des modèles suivant des changements de paramètres sont aussi explorés. (EF)




Amazon  Models in Ecosystem Science
Edité par Charles D. Canham, Jonathan J. Cole et William K. Lauenroth. 2003. Princeton University Press. Princeton.

  • Excellent recueil d’articles sur la modélisation des écosystèmes. La première partie de l’ouvrage se veut une introduction à la modélisation. On discute du rôle des modèles en écologie (prédiction, communication, exploration de nouveaux phénomènes). On discute aussi des distinctions entre les modèles simples et les modèles complexes. La seconde partie porte sur l’évaluation et la validation des modèles. La troisième partie porte sur le rôle des modèles pour la gestion des écosystèmes. Finalement, la quatrième partie discute du futur de la modélisation en écologie. Au cours des discussions, plusieurs modèles sont présentés par les plus grands experts du domaine. (EF)

Statistique

Statistique générale
  • This document summarizes graphical and numerical methods for univariate analysis and normality test, and illustrates how to test normality using SAS 9.1, STATA 9.2 SE, and SPSS 14.0. (SB)

Amazon  Applied Statistics and the SAS programming language
par Ronald P. Cody et Jeffrey K. Smith

  • Ce livre est la bible pour les débutants dans le logiciel SAS, il vous permet de commencer au stade nul et vous explique par des exemples concrets les différentes procédures. Ce livre devrait se trouver dans toutes les bibliothèques des différents laboratoires qui disposent du logiciel. Il est aussi très utile pour les personnes avancées en statistiques afin de se rafraîchir la mémoire sur les multiples subtilités du langage de programmation du logiciel. (SB)


Biostatistical Analysis
par J. H. Zar, 1998, 4ième édition, Prentice Hall

  • Ce livre est un bon point de départ à quiconque veut se familiariser avec les statistiques de base. Zar part des statistiques de base et couvre un bon éventail d'analyses conventionnelles, telles que le test t, l'ANOVA à 1 ou 2 critères, les blocs complets aléatoires, la régression linéaire et multiple, ainsi que les tableaux de contingence. Ce livre est fortement recommandé aux biologistes. On y retrouve plusieurs exemples d'analyses de base illustrant l'application de différentes méthodes. (MM)


Amazon  Experimental Designs
par Cochran & Cox, 2ième édition, publié chez John Wiley & Sons

  • La bible de la planifications statistique d'expériences. Discussion de différents plans d'expériences (en blocs aléatoire, split-plots, carrés latins, etc.), réplication, précision, données manquantes et plans incomplets, mesures répétées, analyses de covariance, surfaces de réponse, etc. (SD)


ULaval  Model Selection and Multimodel Inference: A Practical Information-Theoretic Approach
par K. P. Burnham, D. R. Anderson, 2002, 2ième édition, Springer, 488 pages

  • En science, on essaie d'expliquer des phénomènes naturels le plus efficacement possible (on veut un bon modèle), mais aussi le plus simplement possible (on ne veut pas trop de variables dans le modèle). C'est justement le genre de problème auquel on fait souvent face lors d'analyses en écologie (e.g., régressions multiples): quelle variable doit-inclure ou exclure dans le modèle? Burnham et Anderson abordent plusieurs aspects intéressants portant sur la formulation d'hypothèses et la sélection de modèles, particulièrement à l'aide du critère d'information d'Akaike (AIC). De plus, ils présentent une approche multi-modèle dans les cas où on a plusieurs modèles plausibles pour expliquer les données. Cet ouvrage est fortement conseillé aux personnes s'adonnant à la modélisation, et tout particulièrement pour les modèles de capture-marquage-recapture. (MM)


Modern Applied Statistics with S
par W. N. Venables, B. D. Ripley, 2002, 4ième édition, Springer, 495 pages

  • Dans ce livre, on trouve un peu de théorie, mais surtout des applications d'une multitude d'outils pour l'analyse et la présentation graphique des données avec les logiciels S-PLUS et R. Venables et Ripley présentent le nécessaire afin d'effectuer les analyses des plus simples aux plus complexes. Ces analyses incluent les modéles linéaires généralisés, les régression non linéaires et de lissage, les réseaux de neurones, les arbres de régression, les modèles mixtes, quelques analyses multivariées, les analyses temporelles et spatiales, ainsi que les problèmes d'optimisation. Cet ouvrage est fortement recommandé à quiconque désire maximiser l'utilisation des logiciels S-PLUS et R. (MM)


ULaval  Randomization, Bootstrap and Monte Carlo Methods in Biology
par B. F. J. Manly, 1997, 2ième édition, Chapman and Hall, New York, 399 pages

  • Ce livre est une bonne introduction aux techniques de rééchantillonnage avec plusieurs exemples en biologie. On retrouve des chapitres traitant introduisant les tests de randomisations, le bootstrap, le jacknife, et les simulations de Monte Carlo. Ces techniques sont ensuite utilisées dans des contextes de régressions ainsi que pour l'analyse de matrices de distances, de séries temporelles, de données spatiales, et de quelques exemples avec des analyses multivariées. C'est une bonne ressource pour les gens considérant les approches de rééchantillonnage et désirant connaître leurs forces et faiblesses. (MM)


Analyses de variance (ANOVA) et modèles linéaires généralisés (GLM)

ULaval  Generalized Linear Models
par P. McCullagh, J. A. Nelder, 1989, 2ième édition, Chapman and Hall, 511 pages

  • La publication de ce livre a révolutionné le monde de l'analyse de données en unifiant divers modèles en une même famille: les modèles linéaires généralisés. Ces derniers vont bien au-delà des cas où on a une variable dépendante qui suit une distribution normale (e.g., ANOVA, régression linéaire). En effet, on retrouve parmi les modèles linéaires généralisés des modèles adpatés spécifiquement aux données suivant d'autres distributions une distribution, comme c'est souvent le cas en écologie, telles que la distribution de Poisson (e.g., régression de Poisson), binomiale (e.g., régression logistique), binomiale négative ou gamma. Bien que complet et très utile, il demeure que ce livre requiert certaines notions de bases en statistiques. (MM)


Analyses multivariées/Ordinations
Multivariate Analysis of Ecological Data  - Supplément CANOCO 
Jan Lepš & Petr Šmilauer, 1999
  • Comment analyser des données à l'aide de CANOCO, ce manuel vous expliquera comment procéder ! (SB)

Amazon  Using multivariate statistics
par Barbara Tabachnick et Linda S. Fidell, 2006, 5e édition, 1008 pages

  • Un livre qui explique clairement les analyses multivariées et qui donne les programmes nécessaires dans SAS, SPSS et SYSTAT pour réaliser vos analyses avec vos données. Les analyses canoniques vous sembleront beaucoup plus claires après la lecture de cet ouvrage ! (SB)


Amazon.ca Numerical Ecology, 2nd English edition
par Legendre, P. & Legendre, L., 1998, Elsevier Science, Oxford

  • Ce livre publié par deux auteurs québécois est la bible des méthodes exploratoires multivariées telles qu'utilisées en écologie. Il couvre les analyses de correspondances (simples, canoniques, partielles, détendancées), les analyses en composantes principales, les analyses de redondance, les analyses de classification, les analyses de patrons spatiaux, etc. (SD)


Data Analysis in Community and Landscape Ecology
Édité par R. H. G. Jongman, C. J. F. ter Braak, O. F. R. van Tongeren, 1995, Cambridge University Press, 299 pages

  • Ce livre offre une bonne introduction aux analyses multivariées. La première partie du livre traite de régressions (linéaire, logistique, Poisson) pour ensuite amener le lecteur aux techniques d'ordination. Parmi les techniques présentées, on note l'analyse de correspondance (CA), l'analyse détendancée de correspondance (DCA), l'analyse canonique de correspondance (CCA), l'analyse de redondance (RDA), l'analyse de corrélations canoniques et les analyses de groupements. Plusieurs exemples figurant dans le livre, effectués à l'aide du logiciel CANOCO, illustrent l'interprétation des résultats à l'aide de diagrammes de double projection. (MM)


Analyses spatiales

Amazon 
Spatial Analysis: A Guide for Ecologists
par Marie-Josée Fortin et Mark Dale, 2005, Cambridge, 365 pages

  • Ce livre couvre un éventail de statistiques spatiales disponibles pour analyser les données écologiques et suggère de bonnes approches pour les étudiants des deuxièmes et troisièmes cycles et chercheurs en sciences appliquées qui désirent s'initier aux analyses spatiales en écologie. (MD)


Modèles incorporant la probabilité de détection

ULaval  Analysis and Management of Animal Populations: Modeling, Estimation, and Decision Making
par Byron K. Williams, James D. Nichols, Michael J. Conroy, 2002, Academic Press, San Diego, 817 pages

  • Cet ouvrage peut être considéré comme la "bible" des techniques d'estimation de paramètres démographiques des populations animales. Ce livre présente un éventail complet et à jour de techniques permettant d'estimer des paramètres tels que la taille de population, la probabilité de survie, la probabilité d'immigration, dans un langage clair. Les suppositions de chacun des modèles présentés, les détails importants du design expérimental ainsi que de nombreux exemples figurent dans ce livre, et ceci en fait une ressource indispensable à quiconque désire étudier les populations animales en milieux naturels. (MM)


ULaval  Introduction to Distance Sampling: Estimating Abundance of Biological Populations
par S. T. Buckland, D. R. Anderson, K. P. Burnham, J. L. Laake, D. L. Borchers, L. Thomas, 2001, Oxford University Press, New York, 432 pages

  • Buckland et al. présentent des techniques d'analyse appropriées pour les données récoltées dans un design d'échantillonnage de distance (distance sampling). Ils présentent deux grands types de design. Le premier consiste à échantillonner les données à partir d'un point d'où l'on note la distance de chaque individu observé à partir de ce point. Quant à l'autre design, on échantillonne un transect et on note la distance de chaque individu observé par rapport au transect. Ces deux méthodes permettent d'estimer la fonction de détection (qui diminue à mesure que l'on s'éloigne de l'observateur), et par le fait même, d'estimer l'abondance corrigée pour la détection. Le livre est bien écrit et les auteurs fournissent plusieurs exemples qui aident à la compréhension des techniques. Ce livre est recommandé aux personnes désirant d'estimer l'abondance d'espèces animales dans des transects ou points d'échantillonnage, après avoir tenu compte de la probabilité de détection. (MM)


Amazon  Occupancy Estimation and Modeling: Inferring Patterns and Dynamics of Species Occurrence
par D. I. MacKenzie, J. D. Nichols, K. H. Pollock, L. L. Bailey, J. E. Hines, 2006, Academic Press, San Diego, 324 pages

  • Un très bon livre portant sur les analyses d'occupation de sites, cette famille d'analyse permettant d'estimer la présence d'une espèce à une série de sites après avoir tenu compte de la probabilité de détection. MacKenzie et al. fournissent plusieurs exemples concrets dans l'analyse et l'interprétation des résultats provenant de ce genre d'analyses. Les auteurs utilisent un langage très clair, sans trop de jargon, ce qui le rend accessible à tous les écologistes désirant utiliser cette technique. Il est fortement recommandé. (MM)


Télémétrie

ULaval  Analysis of Wildlife Radio-tracking Data
par G. C. White, R. A. Garrott, 1990, Academic Press, London, 383 pages

  • Ce livre présente plusieurs conseils sur le design ainsi que l'analyse de données télémétriques animales à des fins d'estimation de taille du domaine vital, de la sélection d'habitat, de mouvements et de survie. On peut également y trouver des approches pour l'estimation de la taille de populations. Le manuel du programme SURVIV, pour analyses de capture-marquage-recapture, se retrouve en appendice avec plusieurs des exemples tirés du livre. Il est à conseiller aux personnes désirant se familiariser avec les approches de télémétrie et l'analyse des données qui en découlent. (MM)



Rédaction scientifique et philosophie des sciences

L'art de la thèse
par Michel Beaud et Daniel Latouche, 1988, Les Éditions du Boréal, 176 p.

  • Excellent livre à parcourir dès le début de son programme d'études aux cycles supérieurs. Plusieurs conseils pratiques sont donnés sur le choix du sujet, la rédaction des chapitres, la méthodologie et plusieurs questions relatives à l'élaboration et à la réalisation d'un projet de recherche sont abordées. Certaines pistes de réflexions sont particulièrement intéressantes. ISBN: 9782890522176 (2890522172) (MD)


How to write and publish a scientific paper, 6e édition. par R. A. Day et B. Gastel, 2006, Cambridge University Press.


Petit cours d’autodéfense intellectuelle 
par Normand Baillargeon, 2005, Les Éditions Lux, 344 p.
  • Rédigé dans une langue claire et accessible et illustré par Charb, cet ouvrage constitue une véritable initiation à la pensée critique, plus que jamais indispensable à quiconque veut assurer son autodéfense intellectuelle. On y trouvera d’abord un large survol des outils fondamentaux que doit maîtriser tout penseur critique : le langage, la logique, la rhétorique, les nombres, les probabilités, la statistique etc. ; ceux-ci sont ensuite appliqués à la justification des croyances dans trois domaines cruciaux : l’expérience personnelle, la science et les médias. ISBN: 978-2-89596-044-7 (Commentaire transmis à MD par H. Asselin)



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