Berube2006

Référence

Berube, H. (2006) Mise en place d'une chaîne d'analyse et de traitement de biopuces. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (PDF )

Résumé

Le but de ce mémoire était d'élaborer des outils informatiques et de les intégrer à une chaîne de traitement et d'analyse des données de biopuces. La chaîne d'analyse mise en place dans ce projet consiste d'abord en SLIMS, un logiciel conçu en PHP et MySQL utilisant des termes compatibles avec les standards MIAME. Il permet le suivi des expériences et des échantillons préalablement à l'extraction des ARN pour les expériences de biopuces. Les données sont prises en charge, à l'aide d'une procédure de transfert, par le logiciel BASE qui gère l'information relative aux biopuces. Finalement, les analyses de données sont réalisées avec différents outils disponibles dans Bioconductor et TM4. Un algorithme a été développé pour annoter tous les gènes de la biopuces. L'analyse d'une d'expérience comparant des épinettes transgéniques surexprimant le gène LIM2 a été faite à l'aide de la chaîne de traitement et d'analyse présentée dans ce mémoire

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@MASTERSTHESIS { Berube2006,
    AUTHOR = { Berube, H. },
    TITLE = { Mise en place d'une chaîne d'analyse et de traitement de biopuces },
    SCHOOL = { Université Laval },
    YEAR = { 2006 },
    NOTE = { CEFTMS, MacKay, J., [ressource électronique] / Hugo Bérubé Thèse (de maîtrise) Titre de l'écran-titre (visionné le 28 mars 2007) Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2006 Bibliogr. Texte en français ou en anglais, avec résumés en français et en anglais Thèse. Bioinformatique Mackay, John, directeur de thèse },
    ABSTRACT = { Le but de ce mémoire était d'élaborer des outils informatiques et de les intégrer à une chaîne de traitement et d'analyse des données de biopuces. La chaîne d'analyse mise en place dans ce projet consiste d'abord en SLIMS, un logiciel conçu en PHP et MySQL utilisant des termes compatibles avec les standards MIAME. Il permet le suivi des expériences et des échantillons préalablement à l'extraction des ARN pour les expériences de biopuces. Les données sont prises en charge, à l'aide d'une procédure de transfert, par le logiciel BASE qui gère l'information relative aux biopuces. Finalement, les analyses de données sont réalisées avec différents outils disponibles dans Bioconductor et TM4. Un algorithme a été développé pour annoter tous les gènes de la biopuces. L'analyse d'une d'expérience comparant des épinettes transgéniques surexprimant le gène LIM2 a été faite à l'aide de la chaîne de traitement et d'analyse présentée dans ce mémoire },
    KEYWORDS = { Biopuces Plantes transgéniques Informatique Épinette Génétique Informatique },
    OWNER = { brugerolles },
    TIMESTAMP = { 2008.01.15 },
    URL = { http://archimede.bibl.ulaval.ca/archimede/files/87f0aa98-785c-4c8f-ac99-8f36bc3e9d63/23508.pdf },
}

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