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Membres: IsabelleLaforestLapointe

Isabelle Laforest-L.

Doctorat
Composition et dynamique du microbiome foliaire des arbres de la forêt tempérée: de la forêt naturelle au milieu urbain

Exploring the Temperate Tree Leaf Microbiome: from Natural Forests to Controlled Experiments and Urban Environments
Université du Québec à Montréal
Department of Biological Science
141, av. du Président-Kennedy
Montréal, Québec, Canada
H2X 3Y7

Directeur: Steven Kembel, Kembel @ UQAM 
Codirecteur: Christian Messier

http://isabellelaforestlapointe.wordpress.com/ 
ResearchGate 
(514)-987-3000 poste 6936

Formation | Projet de doctorat / Ph.D. Project | Résumé | Abstract | Bourses / Awards | Publications | Thèse | Communications | Activités pertinentes / Background | Connaissances / Skills


Formation


Projet de doctorat / Ph.D. Project

Je m'intéresse à 1) l'identification et 2) aux sources de variation des communautés microbiennes de la phyllosphère (feuilles) des arbres de la forêt tempérée naturelle et urbaine du Québec.

I'm interested by the functional role of leaf (phyllosphere) microbial community in forestal ecosystems dynamics, more precisely in the natural and urban stands of the temperate forest. Furthermore, I wish to identify the effects of the urban conditions on the tree phyllosphere.


Résumé


Leaf sampling 2013

Bactéries et champignons colonisent presque tous les tissus et surfaces des arbres, des racines (rhizosphère) aux feuilles (phyllosphère). La diversité de ces communautés contrôle plusieurs fonctions écosystémiques de par l’implication des microorganismes dans de multiples processus enzymatiques (nutritionnel, biochimique et anti-pathogène) des individus arborescents. Les microorganismes possèdent un ratio surface/volume élevé, une croissance rapide et un temps de génération court, ce qui leur permet de réagir rapidement aux modifications environnementales. Tout changement dans la masse, l’activité métabolique ou la structure des communautés microbiennes pourrait donc être considéré comme le début d’un changement global au niveau de l’écosystème. Depuis le début des années 2000, les études microbiennes ont subi une révolution majeure lors du développement des techniques de séquençage à haut débit, ce qui a libéré les chercheurs des méthodes nécessitant la culture des microorganismes. Ces méthodes ont longtemps limité la profondeur et la qualité des recensements microbiens, et donc la qualité des recherches scientifiques sur le sujet. Alors que plusieurs études se sont intéressées au rôle des communautés microbiennes du sol sur la croissance et survie des arbres, très peu de connaissances ont été acquises concernant le rôle des communautés microbiennes habitant les surfaces aériennes (tronc et feuilles) dans la dynamique des écosystèmes forestiers. Récemment, plusieurs recherches démontrent cependant la haute complexité de ces communautés et laissent présager qu’elles pourraient jouer un rôle déterminant pour la santé des arbres en milieux naturels et urbains. Le but de ce projet est donc d’acquérir les connaissances nécessaires à la compréhension des processus dirigeant la dynamique des communautés microbiennes de la phyllosphère dans la forêt tempérée du Québec.


Abstract

Bacteria and fungi colonize almost all plant surfaces and tissues, from the roots (rhizosphere) to the leaves (phyllosphere). The diversity of these communities regulates several ecosystem functions, principally through its implication in enzymatic processes (nutritional, defensive and biochemical). Microorganisms are characterized by a high surface/volume, rapid growth and short generation time, allowing microbes to respond quickly to any environmental modifications. Every change in microbial biomass, metabolic activity or community structure could be considered the beginning of a global ecosystem change. Since 2000, a major revolution has affected microbial studies as the development of high-throughput sequencing methods has freed researchers from culture-dependent methods that limited census sampling depth and quality. Whereas various studies have quantified the soil microbial community's key role in regulating plant community formation and dynamics, an insufficient number of studies have looked at phyllosphere microbial communities and the role they play in forest ecosystem dynamics. Some recent results suggest a very high complexity of phyllosphere microbial community dynamics, but the key determinants of the structure and variation of the leaf-habitat communities still need to be identified.




Typical leaf sample

Recent innovation in sequencing techniques has allowed the first complete, affordable and rapid microbial censuses. The aim of this project is to establish essential knowledge of the processes driving phyllosphere microbial community dynamics in the temperate forests of Quebec. This project has three objectives: (1) to identify macroscopic determinants of phyllosphere microbial community composition in natural temperate forests; (2) to determine microscale determinants of phyllosphere microbial dynamics of temperate trees; and (3) to test and observe the effects of urban stress on phyllosphere microbial community of urban trees in Montreal.




Bourses / Awards


Publications


Pinus sylvestris, Catalonia

Thèse de maîtrise / Master Thesis


Communications


Activités pertinentes / Background


Connaissances / Skills

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Page mise à jour le 03/04/2017 à 14h18 Heure de l'Est (GMT-5)